R语言 PREDA包 GenomicRegionsFromfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GenomicRegionsFromfile(PREDA)
GenomicRegionsFromfile()所属R语言包：PREDA

                                         Function to create a GenomiRegions object from a text file
                                         函数创建一个文本文件GenomiRegions对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to create a GenomiRegions object from a text file
函数创建一个文本文件GenomiRegions对象


用法----------Usage----------


GenomicRegionsFromfile(file, ids_column=NULL, chr_column,
start_column, end_column, chromosomesNumbers=NULL,
chromosomesLabels=NULL, chromosomesLabelsInput=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：file
Path to the input txt file containing genomic regions annotations  
路径输入txt文件中包含的基因组区域的注释


参数：ids_column
Specify the column from the input txt file with (optional) ids for genomic regions. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
从输入txt文件（可选）的基因组区域的IDS指定列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：chr_column
Specify the column from the input txt file with chromosome annotations fields. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
指定TXT染色体注释字段输入文件列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：start_column
Specify the column from the input txt file with genomic start position for each genomic region. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
从每个基因组区域的基因组开始位置输入TXT文件指定列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：end_column
Specify the column from the input txt file with genomic end position for each genomic region. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
从每个基因组区域的基因组结束位置输入TXT文件指定列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：chromosomesNumbers
Numeric vector to specify the list of numeric values to be associated to each chromosome (especially useful for chromosomes not associated to a number such as chr X or Y)  
数字矢量指定数值的列表，要关联到每个染色体（尤其是不相关的一个数，如CHR X或Y染色体）


参数：chromosomesLabels
Character vector to specify the list of character labels to be associated to each chromosome (especially useful for chromosomes not associated to a number such as chr X or Y)  
特征向量来指定要关联到每个染色体（尤其是不相关的一个数，如CHR X或Y染色体的有用字符标签列表）


参数：chromosomesLabelsInput
Character vector to specify the list of character labels  associated to each chromosome in the input file. Particularly useful when non numeric character strings are associated to each chromosome in the input file: e.g. "chr3" for chromosome "3".  
特征向量来指定输入文件中的每个染色体相关的字符的标签列表。非数字字符的字符串时特别有用相关输入文件中的每个染色体例如： “chr3”染色体“3”。


参数：...
any other parameter for read.table function that could be useful for parsing the input file, such as "sep", "quote", "header", "na.strings" and other parameters.  
任何其他read.table功能参数解析输入文件，如“九月”，“引用”，“头”，“na.strings”和其他参数，这可能是有用的。


值----------Value----------

An object of class "GenomicRegions"
一个对象的类"GenomicRegions"


作者（S）----------Author(s)----------



Francesco Ferrari




参见----------See Also----------

"GenomicRegions"
"GenomicRegions"

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注：
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