R语言 PLPE包 lpe.paired.fdr.default()函数中文帮助文档(中英文对照)

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lpe.paired.fdr.default(PLPE)
lpe.paired.fdr.default()所属R语言包：PLPE

                                        FDR for PLPE
                                         FDR为PLPE

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This computes FDR for PLPE.
计算这为PLPE的FDR。


用法----------Usage----------


## Default S3 method:[默认方法]
lpe.paired.fdr(x, obj, n.iter=5, lambda=0.9, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
data matrix
数据矩阵


参数：obj
object created from  lpe.paired
从lpe.paired创建对象


参数：n.iter
number of iterations
迭代次数


参数：lambda
numeric vector of probabilities with values in [0,1]
数字向量的概率在[0,1]值


参数：...
other argument
另一种说法


值----------Value----------


参数：design
design matrix; condition index in the first column and pair index in the sceond column
设计矩阵;条件指数在第一列和一双在sceond列指数


参数：data.type
data type: 'ms' for mass spectrometry data, 'cdna' for cDNA microarray data  
cDNA微阵列数据的数据类型：MS质谱数据，“基因”


参数：estimator
specification for the estimator: 'median', 'mean' and 'huber'
规范的估计：“中位数”，意思是和HUBER


参数：w.estimator
two approaches to estimate the weight: 'random' or 'fixed'
两种方法估算的重量：“随机”或“固定”


参数：w
weight paramter between individual variance estimate and pooling variance estimate, 0<= w <=1
个人之间的方差估计和池方差估计，0 <= W <= 1的重量放慢参数


参数：pi0
estimated proportion of non-null peptides
非空肽估计比例


参数：FDR
matrix for test results including FDRs
矩阵的测试结果，包括FDRs


参数：...
other arguments
其他参数


作者（S）----------Author(s)----------



HyungJun Cho and Jae K. Lee




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

lpe.paired.fdr
lpe.paired.fdr


举例----------Examples----------



#LC-MS/MS proteomic data for platelets MPs[血小板MPS的LC-MS/MS蛋白质组数据]
library(PLPE)
data(plateletSet)
x <- exprs(plateletSet)
x <- log2(x)

cond <- c(1, 2, 1, 2, 1, 2)
pair <- c(1, 1, 2, 2, 3, 3)
design <- cbind(cond, pair)

out <- lpe.paired(x, design, q=0.1, data.type="ms")
out.fdr <- lpe.paired.fdr(x,obj=out)
out.fdr$FDR[1:10,]


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