lpe.paired.default(PLPE)
lpe.paired.default()所属R语言包：PLPE
Local Pooled Error Test for Paired Data
当地汇集成对数据的误差试验
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This invetigates differential expression for paired high-throughput data.
这invetigates配对的高通量数据的差异表达。
用法----------Usage----------
## Default S3 method:[默认方法]
lpe.paired(x, design, data.type, q=0.01, probe.ID = NULL, estimator="median", w=0.5, w.estimator="fixed", iseed=1234, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
data matrix
数据矩阵
参数：design
design matrix; condition index in the first column and pair index in the sceond column
设计矩阵;条件指数在第一列和一双在sceond列指数
参数：q
quantile for intervals of intensities
位数为间隔的强度
参数：probe.ID
probe set IDs; if NULL, row numbers are assigned.
探针集ID为NULL，如果行数分配。
参数：data.type
data type: 'ms' for mass spectrometry data, 'cdna' for cDNA microarray data
cDNA微阵列数据的数据类型：MS质谱数据，“基因”
参数：estimator
specification for the estimator: 'median', 'mean' and 'huber'
规范的估计：“中位数”，意思是和HUBER
参数：w
weight paramter between individual variance estimate and pooling variance estimate, 0<= w <=1
个人之间的方差估计和池方差估计，0 <= W <= 1的重量放慢参数
参数：w.estimator
two approaches to estimate the weight: 'random' or 'fixed'
两种方法估算的重量：“随机”或“固定”
参数：iseed
seed number
种子数
参数：...
other arguments
其他参数
值----------Value----------
参数：design
design matrix; condition index in the first column and pair index in the sceond column
设计矩阵;条件指数在第一列和一双在sceond列指数
参数：data.type
data type: 'ms' for mass spectrometry data, 'cdna' for cDNA microarray data
cDNA微阵列数据的数据类型：MS质谱数据，“基因”
参数：q
quantile for intervals of intensities
位数为间隔的强度
参数：estimator
specification for the estimator: 'median', 'mean' and 'huber'
规范的估计：“中位数”，意思是和HUBER
参数：w.estimator
two approaches to estimate the weight: 'random' or 'fixed'
两种方法估算的重量：“随机”或“固定”
参数：w
weight paramter between individual variance estimate and pooling variance estimate, 0<= w <=1
个人之间的方差估计和池方差估计，0 <= W <= 1的重量放慢参数
参数：test.out
matrix for test results
矩阵测试结果
作者（S）----------Author(s)----------
HyungJun Cho and Jae K. Lee
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
lpe.paired
lpe.paired
举例----------Examples----------
#LC-MS/MS proteomic data for platelets MPs[血小板MPS的LC-MS/MS蛋白质组数据]
library(PLPE)
data(plateletSet)
x <- exprs(plateletSet)
x <- log2(x)
cond <- c(1, 2, 1, 2, 1, 2)
pair <- c(1, 1, 2, 2, 3, 3)
design <- cbind(cond, pair)
out <- lpe.paired(x, design, q=0.1, data.type="ms")
out$test.out[1:10,]
summary(out)
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发表于 2012-2-26 11:14:30
