R语言 plier包 justPlier()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

justPlier(plier)
justPlier()所属R语言包：plier

                                         Implements the PLIER algorithm
                                         实现钳子算法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Provides a wrapper around Affymetrix's API to provide an implementation of the PLIER alogrimth
提供一个包装周围Affymetrix公司的API提供一个钳子alogrimth的实施


用法----------Usage----------


justPlier(eset=ReadAffy(),replicate=1:length(eset),get.affinities=FALSE,normalize=FALSE,norm.type="together",augmentation=0.1,defaultaffinity=1.0,defaultconcentration=1.0,attenuation=0.005,seaconvergence=0.000001,seaiteration=3000,gmcutoff=0.15,probepenalty=0.001,concpenalty=0.000001,usemm=TRUE,usemodel=FALSE,fitaffinity=TRUE,plierconvergence=0.000001,plieriteration=3000,dropmax=3.0,lambdalimit=0.01,optimization=0)



参数----------Arguments----------

参数：eset
An AffyBatch object containing the raw data  
一个AffyBatch对象，其中包含原始数据


参数：replicate
A factor containing the replicate structure to use for grouping samples  
包含复制结构的一个因素，使用分组样本


参数：get.affinities
If TRUE, then return affinities in the description@preprocessing slot of the ExpressionSet object  
如果属实，那么返回的描述@的ExpressionSet对象的预处理槽亲和力


参数：normalize
If TRUE then apply quantile normalization to the probes before generating expression calls  
如果是TRUE，然后应用位数标准化表达调用之前生成的探针


参数：norm.type
Can be 'separate', 'pmonly', 'mmonly' or 'together'  
可以是独立，pmonly，mmonly“或”共同“


参数：augmentation
Model parameter  
模型参数


参数：defaultaffinity
Model parameter  
模型参数


参数：defaultconcentration
Model parameter  
模型参数


参数：attenuation
Model parameter  
模型参数


参数：seaconvergence
Model parameter  
模型参数


参数：seaiteration
Model parameter  
模型参数


参数：gmcutoff
Model parameter  
模型参数


参数：probepenalty
Model parameter  
模型参数


参数：concpenalty
Model parameter  
模型参数


参数：usemm
Model parameter  
模型参数


参数：usemodel
Model parameter  
模型参数


参数：fitaffinity
Model parameter  
模型参数


参数：plierconvergence
Model parameter  
模型参数


参数：plieriteration
Model parameter  
模型参数


参数：dropmax
Model parameter  
模型参数


参数：lambdalimit
Model parameter  
模型参数


参数：optimization
Model parameter  
模型参数


Details

详情----------Details----------

This function is a thin wrapper around the Affymetrix implementation. For more details, including information about the meaning of the different model parameters, please see the plier documentation at www.affymetrix.com.
这个函数是一个瘦包装各地的Affymetrix公司实施。对于更多的细节，包括不同的模型参数的含义的信息，请看到钳www.affymetrix.com文档。


值----------Value----------

An Expression set containing PLIER generated expression calls
表达式设置含有钳子产生表达的要求


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller (wrapper), Earl Hubbell (algorithm)



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。