plgem.write.summary(plgem)
plgem.write.summary()所属R语言包：plgem
Write the Result of a PLGEM Analysis to the Working Directory
写一个PLGEM分析结果的工作目录
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function writes the output of function plgem.deg or run.plgem to a series of files in the current working directory.
此功能写入输出功能plgem.deg或run.plgem一系列当前的工作目录中的文件。
用法----------Usage----------
plgem.write.summary(x, prefix=NULL, verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：x
list; the output of either plgem.deg or run.plgem (see corresponding help papes for details).
list;要么输出plgem.deg或run.plgem（详见相应的帮助大殿）。
参数：prefix
optional character to use as a prefix of the file names to be written.
可选的character使用要写入的文件名的前缀。
参数：verbose
logical; if TRUE, comments are printed out while running.
logical;如果TRUE评论打印出来，而运行。
Details
详情----------Details----------
This function writes three types of files to the current working directory:
此功能将三种类型的文件写入到当前的工作目录：
1) A comma-separated text file containing the PLGEM fitting parameters;
1）一个逗号分隔的文本文件，其中包含的PLGEM拟合参数;
2) A comma-separated text file containing the observed STN values and their associated p-values for all performed comparisons; (STN values and p-values from different comparisons appear in different columns, with column headers reflecting the underlying comparison)
2）一个逗号分隔的文本文件包含STN观测值及其相关的p值进行比较的;（STN值，并从不同的比较p值出现在不同的列，列头反映比较底层）
3) One or more plain text files containing the identifiers of the significant genes or proteins, with filenames reflecting the specific comparisons that were performed (i.e. which experimental condition was compared to the baseline) and the specific significance threshold that were used in the DEG selection step.
3）一个或多个纯文本文件，其中包含了显着的基因或蛋白质的标识符，反映具体进行比较（即实验条件的基线相比）和特定意义的阈值，在二甘醇选择使用的文件名加强。
Before files are written, the function checks for existence of files with identical names in the working directory and prompts the user to decide whether to abort the writing process or to overwrite the existing files.
被写入文件之前，功能检查工作目录中的相同名称的文件存在，并提示用户决定是否中止的写作过程中或覆盖现有的文件。
值----------Value----------
The function returns no value. It is called for its side effect to write files to the working directory.
该函数没有返回值。它被称为其副作用写入文件到工作目录。
作者（S）----------Author(s)----------
Mattia Pelizzola <a href="mailto:mattia.pelizzola@gmail.com">mattia.pelizzola@gmail.com</a>
Norman Pavelka <a href="mailto:normanpavelka@gmail.com">normanpavelka@gmail.com</a>
参考文献----------References----------
Ricciardi-Castagnoli P. A power law global error model for the identification of differentially expressed genes in microarray data. BMC Bioinformatics. 2004 Dec 17; 5:203; http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/203.
Florens L, Washburn MP. Statistical similarities between transcriptomics and quantitative shotgun proteomics data. Mol Cell Proteomics. 2008 Apr; 7(4):631-44; http://www.mcponline.org/cgi/content/abstract/7/4/631.
参见----------See Also----------
plgem.deg, run.plgem
plgem.deg，run.plgem
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
data(LPSeset)
LPSdegList <- run.plgem(LPSeset, fitting.eval=FALSE)
plgem.write.summary(LPSdegList, prefix="test", verbose=TRUE)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 11:14:11
