R语言 plateCore包 mfiPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mfiPlot(plateCore)
mfiPlot()所属R语言包：plateCore

                                         mfiPlot
                                         mfiPlot

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A Quality Control plot that shows the MFI Ratio versus the percentage of  positive cells in a flowPlate. The robust logistic regression is performed using gmlrob from the robustbase package.
质量控制图，显示了小额信贷机构与阳性单元百分比在flowPlate比。强大的logistic回归进行使用从robustbase包的gmlrob。


用法----------Usage----------


mfiPlot(fp, thresh=2, Sample.Type="Test",Events="Percentage", ...)



参数----------Arguments----------

参数：fp
A flowPlate.  
AflowPlate。


参数：thresh
Points more than "thresh" number of standard deviations away from the best fit line will be colored red.  
比“阈值”的标准偏差更点，离最佳拟合线将是红色。


参数：Sample.Type
Type of sample to show on plot. Defaults to "Test"   
样本类型上显示图。默认为“测试”


参数：Events
The robust logistic regression can be performed using either  the percentage of events above the negative control gate ("Percentage") or the actual number of events above the gate ("Actual").  
强劲的logistic回归可以使用的百分比高于阴性对照门事件（“百分比”），或以上门事件的实际人数（“实际”）。


参数：...
optional arguments to plot and points.
图和点的可选参数。


值----------Value----------

Creates a plot where the x-axis is MFI Ratio and the y-axis is the percentage of cells above the negative control gate.
创建一个图，x轴是小额信贷机构和Y轴的比例是阴性对照门以上的单元比例。


作者（S）----------Author(s)----------


Errol Strain



举例----------Examples----------


library(plateCore)
data(plateCore)

## Get the lymphocytes[＃获取淋巴单元]
rectGate <- rectangleGate("FSC-H"=c(300,700),"SSC-H"=c(50,400))
pbmcPlate <- Subset(pbmcPlate, rectGate)

# Create a flowPlate from the sample data in plateCore[从在plateCore的样本数据，创建1 flowPlate]
fp <- flowPlate(pbmcPlate,wellAnnotation,plateName="P1")

# Create a set of negative control gates and then apply them[创建了一套负控制闸门，然后将它们应用]
fp <- setControlGates(fp,gateType="Negative.Control")
fp <- applyControlGates(fp,gateType="Negative.Control")

# Compute summary statistics[计算汇总统计]
fp <- summaryStats(fp)

## Create an MFI plot[＃创建一个小额信贷机构的图谋。]
mfiPlot(fp,thresh=2.5,xlab="MFI Ratio (Test MFI / Isotype MFI)",xlim=c(0.1,250),
                ylab="Percentage of cells above the isotype gate",pch=23)


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