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R语言 pint包 plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-26 11:09:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
plot(pint)
plot()所属R语言包:pint

                                         Dependency score plotting
                                         依赖得分图

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot the contribution of the samples and variables to the dependency model or dependency model fitting scores of chromosome or genome.
画出的样品和变量的依赖模式或依赖模型拟合的染色体或基因组分数的贡献。


用法----------Usage----------


plot.GeneDependencyModel(x, X, Y, ann.types = NULL, ann.cols = NULL, legend.x = 0,
        legend.y = 1, legend.xjust = 0, legend.yjust = 1, order = FALSE,
        cex.z = 0.6, cex.WX = 0.6, cex.WY = 0.6, ...)

plot.ChromosomeModels(x, hilightGenes = NULL, showDensity = FALSE, showTop = 0,
        topName = FALSE, type = 'l', xlab = 'gene location', ylab = 'dependency score',
        main = NULL,
        pch = 20, cex = 0.75, tpch = 3, tcex = 1, xlim = NA, ylim = NA,...)

plot.GenomeModels(x, hilightGenes = NULL, showDensity = FALSE, showTop = 0,
        topName = FALSE, onePlot = FALSE, type = 'l', ylab = "Dependency Scores",
        xlab = "Gene location (chromosome)", main = "Dependency Scores in All Chromosomes",
        pch = 20, cex = 0.75, tpch = 20, tcex = 0.7, mfrow = c(5,5), mar = c(3,2.5,1.3,0.5),
        ps = 5, mgp = c(1.5,0.5,0),ylim=NA,...)



参数----------Arguments----------

参数:x
GeneDependencyModel-class,  ChromosomeModels-class, GenomeModels-class; models to be plotted.   
GeneDependencyModel-class,ChromosomeModels-class,GenomeModels-class;模型来绘制。


参数:X, Y
data sets used in dependency modeling.  
数据集使用依赖建模。


参数:ann.types
a factor for annotation types for samples. Each value corresponds one sample in  datasets. Colors are used to indicate different types.  
为样本的注释类型的一个因素。每个值对应一个样本的数据集。用颜色来表示不同的类型。


参数:ann.cols
colors used to indicate different annotation types. Gray scale is used if 'NULL' given.  
所用的颜色来表示不同的注释类型。灰度使用“NULL”。


参数:legend.x, legend.y
the x and y co-ordinates to be used to position the legend for annotation types.  
X和Y注释类型被用来定位传说中的坐标。


参数:legend.xjust, legend.yjust
how the legend is to be justified relative to the legend x and y location. A value of 0 means left or top justified, 0.5 means centered and 1 means  right or bottom justified.  
传说是传说x和y位置相对合理。值为0意味着左侧或顶部对齐,0.5表示居中和1表示右或底部合理。


参数:order
logical; if 'TRUE', values for sample contributions are ordered according to their values.  
逻辑;如果“TRUE”,样本的贡献值是有序的,根据自己的价值观。


参数:cex.z, cex.WX, cex.WY
Text size for variable names.  
变量名的文本大小。


参数:hilightGenes
vector of strings; Name of genes to be hilighted with dots.  
字符串的向量;基因点高亮显示的名称。


参数:showDensity
logical; if 'TRUE' small vertical lines are drwan in the bottom of  the plot under each gene.  
逻辑,如果“TRUE”小垂直线下的每一个基因的图底部drwan。


参数:showTop
numeric; Number of models with highest dependencies to be hilighted. A horizontal dashed line is drawn to show threshold value. With 0 no line is drawn.  
最高将高亮显示的依赖模型的数字号码。水平虚线绘制显示阈值。 0没有线绘制。


参数:topName
logical; If TRUE, gene names are printed to hilighted models with highest dependecies. Otherwise hilighted models are numbered according to their rank in dependency score.  
逻辑如果TRUE,基因名称打印到与最高dependecies高亮的模型。否则高亮的机型编号,根据他们的依赖得分排名。


参数:type, xlab, ylab, main
plot type and labels. See plot for details.  A text for chromosome (and arm if only models from one arm is plotted)  is used in main if NULL is given. In plot.GenomeModels, ylab and xlab affect only if onePlot is TRUE.  
图类型和标签。看到plot详情。一对染色体的文字(和手臂,如果只从一只手臂模型绘制)中使用main如果NULL。在plot.GenomeModels,ylab和xlab影响只有onePlot是TRUE。


参数:onePlot
If TRUE, all dependency scores are plotted in one plot window. Otherwise one plot window is used for each chromosome.  
如果TRUE,所有依赖项的得分都在绘制一个图形窗口。否则,一个图形窗口用于每个染色体。


参数:pch, cex
symbol type and size for hilightGenes. See points for details.  
为hilightGenes符号的类型和大小。看到points详情。


参数:tpch, tcex
symbol type and size for genes with highest scores. See points for details.  
得分最高的基因符号的类型和大小。看到points详情。


参数:ylim, xlim
axis limits. Default values are calculated from data. Lower limit for y is 0 and upper limit is either 1 or maximum score value. X limits are gene location range. See plot for details.  
轴的限制。默认值是从数据计算。 y的下限是0,上限是1或最高得分值。 X限制基因定位范围。看到plot详情。


参数:mfrow, mar, ps, mgp
chromosome plots' layout, marginals, text size and margin line. See par for details.  
染色体图“布局,边缘人,文字大小和边距线。看到par详情。


参数:...
optional plotting parameters  
可选的绘图参数


Details

详情----------Details----------

Function plots scores of each dependency model of a gene for the whole chromosome or genome according to used method. plot(x, cancerGenes = NULL, showDensity = FALSE, ...) is also usable and chosen according to class of models.
每个依赖模型根据使用的方法对整个染色体或基因组的基因的功能图的分数。 plot(x, cancerGenes = NULL, showDensity = FALSE, ...)也可用和选择根据models类。


作者(S)----------Author(s)----------



Olli-Pekka Huovilainen <a href="mailtohuovila@gmail.com">ohuovila@gmail.com</a>




参考文献----------References----------

MLSP'09. See http://www.cis.hut.fi/lmlahti/publications/mlsp09_preprint.pdf

参见----------See Also----------

DependencyModel-class,  ChromosomeModels-class,  GenomeModels-class,  screen.cgh.mrna, screen.cgh.mir
DependencyModel-class,ChromosomeModels-class,GenomeModels-class,screen.cgh.mrna,screen.cgh.mir


举例----------Examples----------



data(chromosome17)

## pSimCCA model on chromosome 17p[#pSimCCA模型对染色体17p]
models17ppSimCCA <- screen.cgh.mrna(geneExp, geneCopyNum, 10, 17, 'p')
plot(models17ppSimCCA,
     hilightGenes=c("ENSG00000108342", "ENSG00000108298"), showDensity = TRUE)

## Dependency model around 50th gene[#约50基因的依赖模型]
model <- models17ppSimCCA[[50]]

## example annnotation types[#示例annnotation类型]
ann.types <- factor(c(rep("Samples 1 - 10", 10), rep("Samples 11 - 51", 41)))
plot(model, geneExp, geneCopyNum, ann.types, legend.x = 40, legend.y = -4,
     order = TRUE)



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注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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