pint.data(pint)
pint.data()所属R语言包：pint
Forms a data set and pairs samples in two data sets.
形成一组数据和对样品在两个数据集。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Forms a data set for use in functions in 'pint' package (e.g. screen.cgh.mrna). Pairs samples in two data sets.
形成“品脱”包中的函数用于设置数据（如screen.cgh.mrna）。对两组数据的样本。
用法----------Usage----------
pint.data(data, info, impute = TRUE, replace.inf = TRUE, remove.duplicates)
pint.match(X, Y, max.dist = 1e7, chrs = NULL, useSegmentedData =
FALSE, impute = TRUE, replace.inf = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：data
Probe-level data in a matrix or data frame.
探针矩阵或数据框级数据。
参数：info
Location, chromosome, and chromosome arm. Information of the probes as data frame. Location can be given either as loc or bp, which is middle location of probe, or as start and end. Chromosome arm is given as arm and chromosome as chr.
位置，染色体，染色体臂。信息作为数据框的探针。位置可以给出作为loc或bp，这是探针的中间位置，或为start和end。 arm和chr染色体染色体臂。
参数：X, Y
Data sets to be paired.
数据集进行配对。
参数：max.dist
maximum distance between paired genes in base pairs.
在碱基配对的基因之间的最大距离。
参数：chrs
Use to pick a subset of chromosomes in the data. By default, all chromosomes will be used.
使用挑染色体的一个子集的数据。默认情况下，所有的染色体将被使用。
参数：useSegmentedData
Logical. If FALSE, rows with identical data are removed (option for pint.match)
逻辑。如果FALSE，具有相同的数据行被删除（选项为pint.match）
参数：remove.duplicates
Logical. If TRUE, rows with identical data are removed (option for pint.data)
逻辑。如果TRUE，具有相同的数据行被删除（选项为pint.data）
参数：impute
Logical. If TRUE, missing values are imputed by replacing them with random samples from a Gaussian distribution following the mean and standard deviation of the non-missing data points from the same sample.
逻辑。如果TRUE，遗漏值都归罪于代替他们从高斯分布的随机抽样，从同一样品非丢失的数据点的平均值和标准偏差。
参数：replace.inf
Logical. If TRUE, replace infinite values with highest non-infinite values seen in the data. Otherwise the calculation will halt.
逻辑。如果TRUE，取代无限价值最高的非无限的数据中看到的值。否则将停止计算。
Details
详情----------Details----------
Function pint.match goes through every sample in X and finds the nearest sample in Y which is in the same chromosome arm. If more than one sample in X has same nearest sample in Y, all but one is discarded. Samples with longer distance than max.dist are discarded.
功能pint.match经过每个样品X和Y这是在相同的染色体中发现最近的样本。如果多个样本中XY，所有，但一个被丢弃相同最近的样本。样品具有更长的距离比max.dist被丢弃。
值----------Value----------
pint.data returns a list with a matrix with sample data and a data frame with chr (chromosome), arm (chromosome arm) and loc (location).
pint.data与样本数据矩阵和chr（染色体），arm（染色体）和loc（位置）的数据框返回一个列表。
pint.match return a list with two data sets. These can be used in screen.cgh.mrna function.
pint.match返回两个数据集列表。这些可以用在screen.cgh.mrna功能。
作者（S）----------Author(s)----------
Olli-Pekka Huovilainen <a href="mailto huovila@gmail.com">ohuovila@gmail.com</a>
参见----------See Also----------
screen.cgh.mrna, screen.cgh.mir, fit.cgh.mir.byname
screen.cgh.mrna，screen.cgh.mir，fit.cgh.mir.byname
举例----------Examples----------
data(chromosome17)
newData <- pint.match(geneExp,geneCopyNum,max.dist=1000)
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发表于 2012-2-26 11:09:29
