fit.byname(pint)
fit.byname()所属R语言包：pint
Fit dependency model around one gene between two data sets.
围绕一两个数据集之间的基因适合的依赖模型。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Takes a window from two datasets around chosen gene
注意到一个窗口，从左右两个选择的基因数据集
用法----------Usage----------
fit.cgh.mir.byname(X, Y, geneName, windowSize, ...)
fit.cgh.mrna.byname(X, Y, geneName, windowSize, ...)
参数----------Arguments----------
参数：X,Y
Data sets. Lists containing the following items:
数据集。列表包含下列项目：
data Data in a matrix form. Genes are in columns and samples in rows. e.g. gene copy number.
data数据矩阵形式。基因是在列和行中的样品。例如基因拷贝数。
info Data frame which contains following information about genes in data matrix.
info有关数据矩阵中的基因，其中包含以下信息的数据框。
chr Factor indicating the chrosome for the gene: (1 to 23, or X or Y
chr因子说明基因chrosome：（1到23或X或Y
arm Factor indicating the chromosomal arm for the gene ('p' or 'q')
arm因素表明基因的染色体臂（P或q）
loc Location of the gene in base pairs. pint.data can be used to create data sets in this format.
loc碱基对的基因的位置。 pint.data可以用来创建这种格式的数据集。
参数：geneName
The dependency model is calculated around this gene.
依赖模型计算解决这个基因。
参数：windowSize
Size of the data window.
数据窗口的大小。
参数：...
Arguments to be passed to function fit.dependency.model
参数传递给函数fit.dependency.model
Details
详情----------Details----------
See fit.dependency.model for details about dependency models and parameters.
看到fit.dependency.model依赖模型和参数的详细信息。
值----------Value----------
DependencyModel
DependencyModel
作者（S）----------Author(s)----------
Olli-Pekka Huovilainen <a href="mailto huovila@gmail.com">ohuovila@gmail.com</a> and Leo Lahti
<a href="mailto:leo.lahti@iki.fi">leo.lahti@iki.fi</a>
参考文献----------References----------
Proc. MLSP'09 IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing, http://www.cis.hut.fi/lmlahti/publications/mlsp09_preprint.pdf
Francis R. and Jordan Michael I. 2005 Technical Report 688. Department of Statistics, University of California, Berkley. http://www.di.ens.fr/~fbach/probacca.pdf
Bishop Christopher M. 1999. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 61, Part 3, pp. 611–622. http://research.microsoft.com/en-us/um/people/cmbishop/downloads/Bishop-PPCA-JRSS.pdf
D. 1982. Psychometrika, vol. 47, no. 1.
参见----------See Also----------
Reults from this function: DependencyModel. fit.dependency.model. Calculating dependency models to chromosomal arm, chromosome or genome screen.cgh.mrna. For calculation of latent variable z:
从这个函数reults：DependencyModel。 fit.dependency.model。依赖模型计算染色体臂染色体或基因组screen.cgh.mrna。对于潜变量z的计算：
举例----------Examples----------
data(chromosome17)
model <- fit.cgh.mrna.byname(geneExp,geneCopyNum,"ENSG00000132361",10)
## With different model parameters (pCCA)[＃不同的模型参数（PCCA）]
model2 <- fit.cgh.mrna.byname(geneExp,geneCopyNum,"ENSG00000132361",10,zDimension=5,priors=list(Nm.wxwy.sigma = NULL))
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发表于 2012-2-26 11:08:48
