R语言 PICS包 setParaPrior()函数中文帮助文档(中英文对照)

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setParaPrior(PICS)
setParaPrior()所属R语言包：PICS

                                        Set convergence parameters of the EM algorithm
                                         设置EM算法的收敛参数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function can be used to change the internal PICS parameters for the prior distribution. This function should only be called if you really now what you are doing! In particular, you may want to specify the average DNA fragment size for your sample by changing the "xi" parameter.
此功能可以用来改变内部的PICS参数的先验分布。此功能只应称为“如果你真的现在你正在做的！特别是，你可能要改变十一参数指定为您的样品的平均DNA片段的大小。


用法----------Usage----------


setParaPrior(xi=200,rho=1,alpha=20,beta=40000,lambda=0,dMu=200,dataType="TF")




参数----------Arguments----------

参数：xi
Our best guest for the average DNA fragment size.
我们最好的旅客平均DNA片段的大小。


参数：rho
A variance parameter for the average DNA fragment size distribution.
一个DNA片段的平均大小分布的方差参数。


参数：alpha
First hyperparameter of the inverse Gamma distribution for sigma^2 in the PICS model.
首先hyperparameter西格玛^ 2的逆伽玛分布的PICS模型。


参数：beta
First hyperparameter of the inverse Gamma distribution for sigma^2 in the PICS model.
首先hyperparameter西格玛^ 2的逆伽玛分布的PICS模型。


参数：lambda
The precision of the prior for mu used for histone data.
用于组蛋白数据的前亩的精度。


参数：dMu
Our best guess for the distance between two neighboring nucleosomes.
我们最好的猜测为两个相邻的核小体之间的距离。


参数：dataType
A character string equal to either "H" or "TF", "H" for histone and "TF" for transcription factors. "H" is not yet supported
一个字符串等于无论是“H”或“的TF，轰的组蛋白和的TF”的转录因子。 “H”尚不支持


值----------Value----------

No value returned. The function simply modifies the internal variables "paraPriorTF" if dataType="TF" and "paraPriorH" if dataType='H'.
没有返回值。功能简单修改内部变量paraPriorTF“如果dataType =的TF和paraPriorH如果dataType =”H“。


作者（S）----------Author(s)----------


Xuekui Zhang, Arnaud Droit &lt;<a href="mailto:arnaud.droit@crchuq.ualaval.ca">arnaud.droit@crchuq.ualaval.ca</a>&gt; and Raphael Gottardo &lt;<a href="mailto:rgottard@fhcrc.org">rgottard@fhcrc.org</a>&gt;



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

setParaEM
setParaEM


举例----------Examples----------


# Using xi=200 for the average DNA fragment size[使用XI = 200的平均DNA片段的大小]
setParaPrior(xi=200,rho=1,alpha=20,beta=40000,lambda=0,dMu=200,dataType="TF")
# Using xi=150 for the average DNA fragment size[使用XI = 150的平均DNA片段的大小]
setParaPrior(xi=150,rho=1,alpha=20,beta=40000,lambda=0,dMu=200,dataType="TF")

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