R语言 PICS包 segmentReads()函数中文帮助文档(中英文对照)

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segmentReads(PICS)
segmentReads()所属R语言包：PICS

                                        Segment the genome into candidate regions
                                         段成候选区域的基因组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Pre-process bidirectional aligned reads data from a single ChIP-Seq experiment to detect candidate regions with a minimum number of forward and reverse reads. These candidate regions will then be processed by PICS.
前处理双向对齐读取数据从一个单一的芯片SEQ实验检测与远期的最低数量的候选区域和扭转读取。这些候选区域，然后将处理的PICS。


用法----------Usage----------


segmentReads(data, dataC=NULL, map=NULL, minReads=2, minReadsInRegion=3,
    jitter=FALSE, dataType="TF", maxLregion=0, minLregion=100)



参数----------Arguments----------

参数：data
A "GenomeData" object containing the IP reads. See details for more information on how to set up the data.
一个“GenomeData”对象，其中包含的IP读取。详情请参阅如何设置数据的更多信息。


参数：dataC
A "GenomeData" object containing the control reads. Set to NULL by default, i.e. no control.
读取一个“GenomeData”对象，其中包含的控制。默认情况下设置为NULL，即无法控制。


参数：map
A "RangedData" object containing the mappability profiles. Set to NULL by default, i.e. no profiles.
A“RangedData对象包含mappability概况。默认情况下设置为NULL，即没有配置文件。


参数：minReads
The minimum number of F/R reads to be present in the sliding window.
最低数量的F / R的读取是在滑动窗口。


参数：minReadsInRegion
The minimum number of F/R reads to be present in the region.
最低数量的F / R的读取，是目前在该区域。


参数：jitter
A logical value stating whether some noise should be added to the read locations. This is recommended if the read positions have lots of duplicates.
一个逻辑值，指出是否应增加一些噪音的只读位置。读取的位置，如果有大量的重复，这是建议。


参数：dataType
Type of experiment.
实验类型。


参数：maxLregion
The maximum length.
最大长度。


参数：minLregion
The minimum length.
最小长度。


值----------Value----------

An object of class "segmentReadsList" containing the results for all regions pre-processed.
一个对象类的segmentReadsList包含所有预先处理区域的结果。


作者（S）----------Author(s)----------


Xuekui Zhang, Arnaud Droit &lt;<a href="mailto:arnaud.droit@crchuq.ualaval.ca">arnaud.droit@crchuq.ualaval.ca</a>&gt; and Raphael Gottardo &lt;<a href="mailto:rgottard@fhcrc.org">rgottard@fhcrc.org</a>&gt;



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

segmentReads, picsFDR
segmentReads，picsFDR


举例----------Examples----------


# Read data[读取数据]
path<-system.file("extdata",package="PICS")
## Note that the col name for the chromosome needs to be space and not chr[＃注意染色体的山坳名称必须是空间，而不是CHR]
dataIP<-read.table(file.path(path,"Treatment_tags_chr21_sort.bed"),header=TRUE,colClasses=c("factor","integer","integer","factor"))
dataIP<-as(dataIP,"RangedData")
dataIP<-as(dataIP,"GenomeData")

dataCont<-read.table(file.path(path,"Input_tags_chr21_sort.bed"),header=TRUE,colClasses=c("factor","integer","integer","factor"))
dataCont<-as(dataCont,"RangedData")
dataCont<-as(dataCont,"GenomeData")

map<-read.table(file.path(path,"mapProfileShort"),header=TRUE,colClasses=c("factor","integer","integer","NULL"))
map<-as(map,"RangedData")
## Remove the chrM[＃删除的地磁场方向。]
map<-map[-23]
seg<-segmentReads(dataIP, dataC=dataCont, map=map, minReads=1)

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