R语言 PICS包 picsFDR()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

picsFDR(PICS)
picsFDR()所属R语言包：PICS

                                        Compute the global FDR
                                         计算全球FDR的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate an estimate of the FDR for PICS. This calculation requires control data (e.g. from an input DNA sample).
计算估计FDR的PICS。这种计算需要控制数据（例如，从一个输入DNA样本）。


用法----------Usage----------


picsFDR(picsIP,picsCont,filter=list(delta=c(0,Inf),se=c(0,Inf),sigmaSqF=c(0,Inf),sigmaSqR=c(0,Inf)))



参数----------Arguments----------

参数：picsIP
An object of class 'picsList' as returned by 'PICS' when run on IP/Control data.
一个对象的类的picsList返回的PICS“时，运行在IP /控制数据。


参数：picsCont
An object of class 'picsList' as returned by 'PICS' when run on Control/IP data.
一个类的picsList“作为”的PICS“运行控制/ IP数据时返回的对象。


参数：filter
A list of filters to be used before computing the FDR. By default all regions are included. See details for more info on how to specify the filters.
要使用的过滤器列表之前计算的FDR。默认情况下，各区域都包括在内。详情请参阅如何指定过滤器的更多资讯。


值----------Value----------

A dataframe with three columns corresponding to the estimated FDR, the score, and the number of regions.
一个有三列，相应的估计FDR，比分，一些区域的dataframe。


作者（S）----------Author(s)----------


Xuekui Zhang, Arnaud Droit &lt;<a href="mailto:arnaud.droit@crchuq.ualaval.ca">arnaud.droit@crchuq.ualaval.ca</a>&gt; and Raphael Gottardo &lt;<a href="mailto:rgottard@fhcrc.org">rgottard@fhcrc.org</a>&gt;



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

pics
pics


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  # Segment the reads in order to identify candidate regions[段的内容，以便确定候选区域]
   segC<-segmentReads(RD, minReads=3,invert=TRUE)
  # Use the serial version of PICS[使用的串行版本的PICS]
  picsC<-PICS(segC,dataType='TF')
        plot(pics,picsC,xlim=c(0,50),ylim=c(0,.2),filter=list(delta=c(50,300),se=c(0,50),sigmaSqF=c(0,22500),sigmaSqR=c(0,22500)),type="l")  

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
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