R语言 PICS包 makeRangedDataOutput()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeRangedDataOutput(PICS)
makeRangedDataOutput()所属R语言包：PICS

                                        Create a RangedData object from a PICS output
                                         创建一个PICS输出1 RangedData对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a list of "RangedData" objects from a "pics" object. The resulting RangedData object can then be analyzed with the "IRanges" packages and/or exported to bed/wig files with the "rtracklayer" package.
创建“RangedData”对象从“图片”对象名单。然后产生RangedData对象可以进行分析与“IRanges包和/或出口的与”rtracklayer“包床/假发文件。


用法----------Usage----------


makeRangedDataOutput(obj, type="fixed", filter=list(delta=c(0,Inf),se=c(0,Inf),sigmaSqF=c(0,Inf),sigmaSqR=c(0,Inf),score=c(0,Inf)),length=100)



参数----------Arguments----------

参数：obj
An object of class "picsList" as returned by "PICS" when running it on the IP/Control data.
对象类的picsList“返回”的PICS“上运行的IP /控制数据时。


参数：type
The type of intervals to be created. The different types are "bed", "wig", "ci" and "fixed". See details for more info.
要创建的间隔类型。不同类型的“床”，“假发”，“词”和“固定”。看到更多的细节。


参数：filter
A list of filters to be used before computing the FDR. By default all regions are included, see details for more info on how to specify the filters.
要使用的过滤器列表之前计算的FDR。默认情况下，所有区域都包括在内，看到更多关于如何指定过滤器的详细信息的细节。


参数：length
The length to be used for the fixed type "RangedData", see details.
可用于固定式RangedData“的长度，查看详情。


Details

详情----------Details----------

"bed" will generate intervals from the forward peak max to the reverse peak max. "wig" will generate a density profile for the forward and reverse reads. "bed" and "wig" types should be used to be exported to wig/bed files to be used with the UCSC genome browser. "ci" corresponds to the binding site estimates +/-3*se, while "fixed" corresponds to the binding site estimates +/-3*length. "bed" and "wig" files can be exported using the "export" function fo the "rtracklayer" package.
“床”会产生正向峰值最大反向峰值最大间隔。 “假发”，将产生一个向前的密度分布和扭转读取。出口假发/床UCSC基因组浏览器使用的文件，应使用“床”和“假发”类型。 “CI”对应的结合位点估计+ / -3 *本身，而“固定”对应的结合位点估计+ / -3 *长度。 “床”和“假发”的文件，可以使用“导出”功能，FO的“rtracklayer包出口。


值----------Value----------

An object of type "RangedData".
一个类型RangedData“的对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Xuekui Zhang, Arnaud Droit &lt;<a href="mailto:arnaud.droit@crchuq.ualaval.ca">arnaud.droit@crchuq.ualaval.ca</a>&gt; and Raphael Gottardo &lt;<a href="mailto:rgottard@fhcrc.org">rgottard@fhcrc.org</a>&gt;



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

export
出口


举例----------Examples----------




## Not run: [＃无法运行：]
  rdBed<-makeRangedDataOutput(pics,type="bed",filter=list(delta=c(50,Inf),se=c(0,50),sigmaSqF=c(0,22500),sigmaSqR=c(0,22500),score=c(10,Inf)))
  export(rbBed,"myfile.bed")
  rdBed<-makeRangedDataOutput(pics,type="wig",filter=list(delta=c(50,Inf),se=c(0,50),sigmaSqF=c(0,22500),sigmaSqR=c(0,22500),score=c(10,Inf)))
  export(rbBed,"myfile.wig")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
  

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