R语言 phenoTest包 getEsPositions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getEsPositions(phenoTest)
getEsPositions()所属R语言包：phenoTest

                                         Obtain chromosome positions for each gene.
                                         获得每个基因的染色体位置。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given an object of class epheno obtain the gene positions on the genome.
鉴于类epheno的对象获得的基因组的基因的位置。


用法----------Usage----------


getEsPositions(epheno, phenoName, organism = "human", logEs = T, center = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：epheno
An object of class epheno usually obtained with ExpressionPhenoTest  
epheno类的对象通常以ExpressionPhenoTest得到


参数：phenoName
The phenotype that we want to use. Has to be in phenoNames(epheno)  
我们要使用的表型。是phenoNames(epheno)


参数：organism
Has to be 'human' or 'mouse'. The default is 'human'.  
是人或鼠标。默认的是人。


参数：logEs
If the values have to be log scaled.  
如果这两个值必须要登录规模。


参数：center
If the values have to be genome centered. If TRUE the genome average will be substracted to every value.  
如果值是基因组中心。如果为TRUE，将基因组平均每个值中减去。


Details

详情----------Details----------

The output will usually be passed to findCopyNumber.
输出通常会被传递到findCopyNumber的。


值----------Value----------

An object of class data.frame will be returned containing 3 variables: es (enichment score for fold change or hazard ratio), chr (chromosome), pos (position in Mb). epheno's featureNames will be used as row names.
data.frame类的对象，将返回包含3个变量：ES（enichment倍或危险比得分），CHR（染色体），POS（MB位置）。 epheno的featureNames将用作行名。


作者（S）----------Author(s)----------



Evarist Planet




举例----------Examples----------


data(epheno)
phenoNames(epheno)
mypos <- getEsPositions(epheno,'Relapse')
head(mypos)

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