R语言 phenoTest包 genesInArea()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

genesInArea(phenoTest)
genesInArea()所属R语言包：phenoTest

                                         Find genes that are in given areas.
                                         发现，在特定领域的基因。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Combine the output of getEsPositions and findCopyNumber to see which genes are in the enriched areas.
结合输出的getEsPositions和findCopyNumber看到哪些基因在丰富的区域。

Given areas of enrichment (obtained with findCopyNumber) and a set of genes or probes and their positions in the genome (obtained with getEsPositions) the function tells which genes fall in each area.
特定领域的浓缩（findCopyNumber获得）和基因探针和基因组中的位置（以getEsPositions获得）告诉这些基因在每个区域的功能。


用法----------Usage----------


genesInArea(x, regions)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class data.frame with gene or probe identifiers as row names and the following columns: es (the enrichment score), chr (the chromosome where the gene or probe belong to) and pos (position in the chromosome in megabases). It can be obtained with the function getEsPositions.  
一个类的对象data.frame基因或探针识别为行名及以下的列：ES（富集得分），CHR（染色体基因或探针属于）和POS（位置在染色体碱基）。它可以得到与功能getEsPositions。


参数：regions
This is usually the output of findCopyNumber function.  
这通常是输出findCopyNumber功能。


作者（S）----------Author(s)----------



Evarist Planet




参见----------See Also----------

getEsPositions, findCopyNumber
getEsPositions，findCopyNumber


举例----------Examples----------


data(epheno)
phenoNames(epheno)
mypos <- getEsPositions(epheno,'Relapse')
head(mypos)
#regions &lt;- findCopyNumber(mypos)[区域< -  findCopyNumber人（mypos）]
#head(regions)[头（区域）]
#genes &lt;- genesInArea(mypos,regions)[基因< -  genesInArea人（mypos，区域）]
#head(genes)[头（基因）]

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