epheno2html(phenoTest)
epheno2html()所属R语言包：phenoTest
Create html files and plots from an epheno object.
创建HTML文件和图形从epheno对象。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Creates html files and plots using an epheno object, which stores the association between a list of variables and gene expression.
创建HTML文件和图使用epheno对象，其中存储变量和基因表达之间的关联。
用法----------Usage----------
epheno2html(x, epheno, outputdir, prefix = "", genelimit = 50, categories = 3, withPlots = TRUE, id.entrezid = FALSE, organism = "human", homol.symbol, homol.genename, mc.cores = 1)
参数----------Arguments----------
参数：x
An object of class ExpressionSet (used to generate the epheno object) containing expression levels in exprs(x), phenotype information in pData(x) and annotation in annotation(x).
一个类的对象ExpressionSet（用于产生的epheno对象），含有表达PDATA型信息（X）和注释注释（X）（X），在exprs的。
参数：epheno
an object produced by ExpressionPhenoTest. this object will contain univariate association between a list of phenotype variables and gene expression as weel as p-values.
对象ExpressionPhenoTest。这个对象将包含一型变量和p值WEEL基因表达之间的单因素关联。
参数：outputdir
where to place files.
在何处放置文件。
参数：prefix
will be used to add a text to the beginning of the files that will be created.
将用于将要创建的文件的开头添加一个文本。
参数：genelimit
maximum number of genes on the list.
基因名单上的最大数量。
参数：categories
Number of categories used for continuous variables. It has to be the same as the one used for ExpressionPhenoTest.
用于连续变量的类别数。它是作为用于为ExpressionPhenoTest一个相同的。
参数：withPlots
when FALSE no plots will be produced. Makes the process faster.
时会产生FALSE没有图。使这一进程更快。
参数：id.entrezid
this is for the particular case in which x's featureNames is not storing probeset ids but entrezids. The ExpressionSet will be storing information at the gene level and the row identidiers will be entrezids.
这是为特定的情况下，在x的featureNames不存储probeset ID但entrezids的。 ExpressionSet将在基因水平上存储的信息和行identidiers将entrezids。
参数：organism
this information will be used to query the BioMart database in order to get feature information. It will be used only if id.entrezid is TRUE.
为了获得功能的信息，这些信息将被用于查询BioMart数据库。它将被用于只有id.entrezid是TRUE。
参数：homol.symbol
the homology table can be provided. This is useful if we want to run the same/similar code several times. This one will store the homology between entrezid and gene symbol. It will be used only if id.entrezid is TRUE. An example on how to create the homology table is shown in the examples section.
同源表可以提供。如果我们要多次运行相同/类似的代码，这是非常有用的。这将存储之间entrezid和基因符号的同源性。它将被用于只有id.entrezid是TRUE。一个例子是关于如何创建同源表所示的例子。
参数：homol.genename
the same as homol.symbol but in this case the homology table stores the homology between entrezid and gene name.
作为homol.symbol相同，但在这种情况下，同源性表存储之间的同源性的entrezid和基因名称。
参数：mc.cores
number of cores that will be used to run the process.
将用于运行过程中的核心数量。
作者（S）----------Author(s)----------
Evarist Planet
举例----------Examples----------
#Example on building homology tables for human.[例如在人类的同源性表。]
#mart <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl")[集市< - useMart（的“ENSEMBL”，“hsapiens_gene_ensembl”）]
#homol.symbol <- getLDS(attributes = c("entrezgene"), [homol.symbol < - getLDS（属性= C（“entrezgene”），]
# mart = mart, attributesL = c("external_gene_id"), [attributesL = C（“external_gene_id”）=集市，集市，]
# martL = mart, filters = "entrezgene", values = entrezid)[martL =集市，过滤器=的“entrezgene”，值= entrezid）]
#mart <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl")[集市< - useMart（的“ENSEMBL”，“hsapiens_gene_ensembl”）]
#homol.genename <- getLDS(attributes = c("entrezgene"), [homol.genename < - getLDS（属性= C（“entrezgene”），]
# mart = mart, attributesL = c("description"), martL = mart, [集市=集市，attributesL = C（“说明”），martL =集市，]
# filters = "entrezgene", values = entrezid)[过滤器=的“entrezgene”，值= entrezid）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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发表于 2012-2-26 11:03:29
