R语言 phenoDist包 PDMByWellAvg()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PDMByWellAvg(phenoDist)
PDMByWellAvg()所属R语言包：phenoDist

                                         Compute phenotypic distance matrix with well features
                                         计算具有良好的功能表型的距离矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes the phenotypic distance matrix, with cell features averaged by well.
此函数计算表型的距离矩阵，平均通过良好的单元功能。


用法----------Usage----------


  PDMByWellAvg(profiles, selectedWellFtrs, transformMethod=c('none', 'scale', 'PCA'), distMethod=c('manhattan', 'euclidean', 'correlation', 'mahalanobis'), nPCA)



参数----------Arguments----------

参数：profiles
A data frame, containing the phenotypic profiles, as returned from the summarizeWells function of the imageHTS package.
数据框包含的表型剖面，从summarizeWells包功能imageHTS返回。


参数：selectedWellFtrs
A character vector indicating well features to be used in the calculation. If missing, all features are used.
一个特征向量，指示以及在计算中使用的功能。如果缺少，使用所有功能。


参数：transformMethod
A character string indicating which transformation method should be used. This must be (an abbreviation of) one of the strings 'none', 'scale' or 'PCA'.
应使用一个字符串，指示哪个变换方法。这必须是（缩写）字符串没有，规模或主成分分析“之一。


参数：distMethod
A character string indicating which distance method should be used. This must be (an abbreviation of) one of the strings 'manhattan', 'euclidean', 'correlation' or 'mahalanobis'.
应使用一个字符串，指示哪个距离的方法。这必须是（缩写）“曼哈顿”，“欧几里得”，“相关”或“马氏”的字符串之一。


参数：nPCA
An integer scalar for the number of PCA dimensions to be used in the calculation.
PCA的尺寸，在计算中使用的整数标。


Details

详情----------Details----------

Pair-wise phenotypic distance measurements of the treatments in screen results in a phenotypic distance matrix. The features stored in profiles are transformed with the transformMethod and the distance matrix is calculated with the distMethod.
成对表型测量距离在屏幕上的结果在表型的距离矩阵的治疗。 profiles存储功能转化transformMethod和计算距离矩阵distMethod。


值----------Value----------

A symmetric distance matrix with dimensions equaling to the number of rows of profiles.
尺寸与相当于profiles行数的对称距离矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Xian Zhang



参见----------See Also----------

summarizeWells
summarizeWells


举例----------Examples----------



  library('phenoDist')

  ## load the imageHTS object[＃加载imageHTS对象。]
  load(system.file('kimorph', 'kimorph.rda', package='phenoDist'))
  x@localPath <- file.path(tempdir(), 'kimorph')

  ## calculate pair-wise svm distance matrix[＃计算成对SVM距离矩阵]
  load(system.file('kimorph', 'selectedFtrs.rda', package='phenoDist'))
  pdm <- PDMByWellAvg(profiles=summarizeWells(x, getUnames(x,plate=1, row=2:3, col=3), 'conf/featurepar.txt'), selectedWellFtrs, transformMethod='scale', distMethod='euclidean')
  pdm

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