R语言 phenoDist包 PDMBySvmWeightVector()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PDMBySvmWeightVector(phenoDist)
PDMBySvmWeightVector()所属R语言包：phenoDist

                                         Compute phenotypic distance matrix by SVM weight vector
                                         计算表型的SVM权重向量的距离矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function performs an SVM classification between a given sample and the negative control, calculates the weight vector,  and then computes the phenotypic distance matrix based on the weight vectors.
这个函数执行一个给定的样本和阴性对照组之间的SVM分类，计算权重向量，然后计算距离矩阵的表型，根据权重向量。


用法----------Usage----------



PDMBySvmWeightVector(x, unames, neg='rluc', selectedCellFtrs, distMethod=c('manhattan','euclidean', 'correlation','mahalanobis'), verbose=FALSE, kernel='linear', ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
imageHTS对象。


参数：unames
A character vector, containing the well names from where to collect the cell features. See getUnames for details.
一个特征向量，包含从哪里收集单元功能的好名字。看到getUnames详情。


参数：neg
A character string to identify the negative controls.
一个字符串，以确定阴性对照。


参数：selectedCellFtrs
A character vector for cell features to be used in the calculation. If missing, all features are used.
用于计算单元功能的一个特征向量。如果缺少，使用所有功能。


参数：distMethod
A character string indicating which distance method should be used. This must be (an abbreviation of) one of the strings 'manhattan', 'euclidean', 'correlation' or 'mahalanobis'.
应使用一个字符串，指示哪个距离的方法。这必须是（缩写）“曼哈顿”，“欧几里得”，“相关”或“马氏”的字符串之一。


参数：verbose
A logical scalar indicating whether progress should be reported.
一个逻辑标指示是否应报告进展情况。


参数：kernel
The kernel argument for the svm function of the e1071 package.
svme1071包功能的内核参数。


参数：...
Additional arguments to be passed to the svm function of the e1071 package.
额外的参数将被传递给svme1071包的功能。


Details

详情----------Details----------

For each well, this function collects features of all cells from the well and all cells from the negative control wells, and performs a bi-class classification using Support Vector Machine (SVM). The classification weight vectors are calculated for all wells passed to PDMByWellAvg to compute the phenotypic distance matrix.
每口井，此功能收集所有单元从阴性对照井井和所有单元的功能，并执行一个双级分类，使用支持向量机（SVM）。分类权向量计算所有井通过PDMByWellAvg计算表型的距离矩阵。


值----------Value----------

A symmetric distance matrix with dimensions equaling to the length of unames.
具有相当于的unames长度尺寸的对称距离矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Xian Zhang



参见----------See Also----------

svm, PDMByWellAvg
svm，PDMByWellAvg


举例----------Examples----------



  library('phenoDist')

  ## load the imageHTS object[＃加载imageHTS对象。]
  load(system.file('kimorph', 'kimorph.rda', package='phenoDist'))
  x@localPath <- file.path(tempdir(), 'kimorph')

  ## calculate pair-wise svm distance matrix[＃计算成对SVM距离矩阵]
  load(system.file('kimorph', 'selectedFtrs.rda', package='phenoDist'))
  pdm <- PDMBySvmWeightVector(x, unames=getUnames(x,plate=1, row=2:3, col=3), neg='rluc', selectedCellFtrs=selectedCellFtrs, distMethod='euclidean', verbose=FALSE, cost=1, kernel='linear')

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