R语言 phenoDist包 PDMByKS()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PDMByKS(phenoDist)
PDMByKS()所属R语言包：phenoDist

                                         Compute phenotypic distance matrix by Kolmogorov-Smirnov statistics
                                         柯尔莫哥洛夫 - 斯米尔诺夫统计计算表型的距离矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the Kolmogorov-Smirnov statistic between a given sample and the negative control, for each feature, and then computes the phenotypic distance matrix based on the Kolmogorov-Smirnov statistics.
此函数计算一个给定的样本和阴性对照组之间的柯尔莫哥洛夫 - 斯米尔诺夫统计，每个功能，然后计算表型的距离矩阵的基础上柯尔莫哥洛夫 - 斯米尔诺夫统计。


用法----------Usage----------



PDMByKS(x, unames, neg='rluc', selectedCellFtrs, distMethod=c('manhattan', 'euclidean', 'correlation', 'mahalanobis'))



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
imageHTS对象。


参数：unames
A character vector, containing the well names from where to collect the cell features. See getUnames for details.
一个特征向量，包含从哪里收集单元功能的好名字。看到getUnames详情。


参数：neg
A character string to identify negative controls.
一个字符串，以确定阴性对照。


参数：selectedCellFtrs
A character vector for cell features to be used in the calculation. If missing, all features are used.
用于计算单元功能的一个特征向量。如果缺少，使用所有功能。


参数：distMethod
A character string indicating which distance method should be used. This must be (an abbreviation of) one of the strings 'manhattan', 'euclidean', 'correlation' or 'mahalanobis'.
应使用一个字符串，指示哪个距离的方法。这必须是（缩写）“曼哈顿”，“欧几里得”，“相关”或“马氏”的字符串之一。


Details

详情----------Details----------

For each well, this function collects features of all cells, and performs a Kolmogorov-Smirnov test for each feature against the corresponding cell features from negative control wells, with the function ks.test of the stats package. The Kolmogorov-Smirnov statistics are collected for all wells and passed to PDMByWellAvg to calculate the phenotypic distance matrix.
每口井，此功能收集所有单元的功能，并执行每个功能对相应的阴性对照井单元功能的一种Kolmogorov-Smirnov检验与功能，ks.teststats包。柯尔莫哥洛夫 - 斯米尔诺夫统计所收集的所有油井，并通过PDMByWellAvg计算表型的距离矩阵。


值----------Value----------

A symmetric distance matrix with the number of rows equaling to the length of unames.
与对称距离矩阵相当于unames长度的行数。


作者（S）----------Author(s)----------


Xian Zhang



参见----------See Also----------

ks.test, PDMByWellAvg
ks.test，PDMByWellAvg


举例----------Examples----------



  library('phenoDist')

  ## load the imageHTS object[＃加载imageHTS对象。]
  load(system.file('kimorph', 'kimorph.rda', package='phenoDist'))
  x@localPath <- file.path(tempdir(), 'kimorph')

  ## calculate pair-wise svm distance matrix[＃计算成对SVM距离矩阵]
  load(system.file('kimorph', 'selectedFtrs.rda', package='phenoDist'))
  pdm <- PDMByKS(x, unames=getUnames(x,plate=1, row=2:3, col=3), neg='rluc', selectedCellFtrs=selectedCellFtrs, distMethod='euclidean')
  pdm


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