R语言 phenoDist包 clusterDist()函数中文帮助文档(中英文对照)

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clusterDist(phenoDist)
clusterDist()所属R语言包：phenoDist

                                         clusterDist
                                         clusterDist

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Clustering analysis based on a distance matrix.
基于距离矩阵的聚类分析。


用法----------Usage----------


clusterDist(x, distMatrix, clusterFun='hclust', ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.  
imageHTS对象。


参数：distMatrix
A pair-wise distance matrix or a dist object.  
成对距离矩阵或dist对象。


参数：clusterFun
A character string defining the cluster function.
一个字符串定义的聚类功能。


参数：...
Additional arguments to be passed to the cluster function.  
额外的参数被传递到聚类功能。


Details

详情----------Details----------

This function performs a clustering analysis based on a pair-wise distance matrix such as generated by PDMBySvmAccuracy.
此函数执行聚类分析的基础上成对，如由PDMBySvmAccuracy生成距离矩阵。


值----------Value----------

The return from the cluster function, such as an hclust object returned from the hclust function.
从聚类的功能，如hclust对象，返还hclust功能。


作者（S）----------Author(s)----------


Xian Zhang



参见----------See Also----------

hclust, PDMBySvmAccuracy
hclust，PDMBySvmAccuracy


举例----------Examples----------



  library('phenoDist')

  ## load the imageHTS object[＃加载imageHTS对象。]
  load(system.file('kimorph', 'kimorph.rda', package='phenoDist'))
  x@localPath <- file.path(tempdir(), 'kimorph')

  ## load sample phenotypic distance matrix[＃加载示例表型的距离矩阵]
  load(system.file('kimorph', 'svmAccPDM_Pl1.rda', package='phenoDist'))

  ## phenotypic clustering[＃表型聚类]
  phenoCluster <- clusterDist(x, distMatrix=svmAccPDM_Pl1, clusterFun='hclust', method='ward')

  ## Not run: [＃无法运行：]
  require('GOstats')
  GOEnrich <- enrichAnalysis(x, cl=cutree(phenoCluster, k=5), terms='GO', annotation='org.Hs.eg.db', pvalueCutoff=0.01, testDirection='over', ontology='BP', conditional=TRUE)
   
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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