makePdInfoPackage(pdInfoBuilder)
makePdInfoPackage()所属R语言包:pdInfoBuilder
Create a Platform Design Info Package
创建一个平台的设计信息Package
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This generic function create a platform design info package based on the parameters contained in object which will generally be an instance of a subclass of PkgSeed. The result is a new directory on the filesystem containing the source for the generated pdInfo package.
这个泛型函数创建一个平台,设计基于信息包上object一般会一个PkgSeed的子类的一个实例中的参数。其结果是一个新的包含为的生成pdInfo包的源文件系统的目录。
用法----------Usage----------
makePdInfoPackage(object, destDir, batch_size = 10000, quiet = FALSE, unlink = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数:object
See showMethods("makePdInfoPackage") to see available methods.
看到showMethods("makePdInfoPackage")看到可用的方法。
参数:destDir
Path where the resulting pdInfo package source directory will be written.
产生pdInfo包源目录路径将被写入。
参数:batch_size
An integer controlling the size of batches processed when reading the flatfiles and loading the DB. In general, larger values of batch_size will use more memory and less time (unless you exceed physical memory, in which case more time will be used as well).
控制阅读的flatfiles和装载DB时的处理批次大小的整数。在一般情况下,较大的值batch_size将使用更多的内存和更短的时间(除非你超过物理内存,在这种情况下,将更多的时间,以及使用)。
参数:quiet
A logical value. When TRUE, diagnostic and status messages are not printed.
一个逻辑值。当TRUE,诊断和状态信息不会被显示出来。
参数:unlink
A logical value. If 'TRUE', and 'destDir' already contains a file or directory with the name 'pkgname', try to unlink (remove) it.
一个逻辑值。如果“TRUE”,“DESTDIR已经包含文件或目录名为PKGNAME,尝试断开(删除)。
Details
详情----------Details----------
In general, creating the SQLite database will be a time and memory intensive task.
在一般情况下,创建的SQLite数据库将是一个时间和内存密集型任务。
值----------Value----------
This function is called for its side-effect of producing a pdInfo source package directory.
此功能被称为其生产pdInfo源码包目录的副作用。
作者(S)----------Author(s)----------
Seth Falcon
举例----------Examples----------
cdfFile <- "Mapping250K_Nsp.cdf"
csvAnno <- "Mapping250K_Nsp_annot.csv"
csvSeq <- "Mapping250K_Nsp_probe_tab"
## Not run: [#无法运行:]
pkg <- new("AffySNPPDInfoPkgSeed",
version="0.1.5",
author="A.U. Thor", email="au@thor.net",
biocViews="AnnotationData",
genomebuild="NCBI Build 35, May 2004",
cdfFile=cdfFile, csvAnnoFile=csvAnno, csvSeqFile=csvSeq)
makePdInfoPackage(pkg, destDir=".")
## End(Not run)[#结束(不运行)]
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