corplot(pcot2)
corplot()所属R语言包：pcot2
Produce a plot for jointly visualizing pooled correlation
产生一个共同的可视化集中相关的地积
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This plot is used for looking at pooled inter-gene correlation within a pre-defined group of genes, in conjunction with information about
此图是用于在预定义的基因组内汇集间基因相关，在配合有关
用法----------Usage----------
corplot(x, sel, cla = NULL, inputP = NULL, main, gene.locator = FALSE, add.name = TRUE, font.size = 1, dist.method = "euclidean")
参数----------Arguments----------
参数：x
A matrix with no missing values; Each row represents a gene and each column represents a sample.
一个没有遗漏值矩阵，每一行代表一个基因，每一列代表一个样本。
参数：sel
A vector of selected gene identifiers.
一个选定的基因标识的向量。
参数：cla
Class labels representing two distinct experimental conditions (e.g., normal and disease).
代表两个不同的实验条件下（例如，正常和疾病）类的标签。
参数：inputP
This option allows users to input p-values for each gene (e.g., if produced by another software package).
此选项允许用户输入的每一个基因的p值（例如，如果另一个软件包）。
参数：main
A title for the plot.
图的标题。
参数：gene.locator
This option allows users to click of the plot to identify groups of genes. Clicking twice on the diagonal of the plot returns the identifiers of genes between the points clicked.
此选项允许用户单击“确定基因组”的图。图的对角线上点击两次返回点击点之间的基因标识。
参数：add.name
Specifies whether gene identifiers should be printed on the plot.
指定基因标识是否应在图上印。
参数：font.size
Adjusts the size of gene names printed on the plot.
调整大小图上印的基因名称。
参数：dist.method
Specifies the method for calculating inter-gene distance (used when ordering the rows and columns of the correlation plot). The available distance methods are "euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra", "binary", "pearson","correlation" or "spearman". For additional details see the amap package and the help documentation for the Dist function.
指定的方法计算基因间的距离（相关图的行和列在订货时使用）。可用距离的方法是“欧几里德”，“最大”，“曼哈顿”，“堪培拉”，“二进制”，“培”，“关联”或“矛”。如需详细信息，请参阅amap包Dist函数的帮助文档。
作者（S）----------Author(s)----------
Sarah Song and Mik Black
参见----------See Also----------
pcot2,corplot2,aveProbe
pcot2，corplot2，aveProbe
举例----------Examples----------
library(multtest)
library(hu6800.db)
data(golub)
rownames(golub) <- golub.gnames[,3]
colnames(golub) <- golub.cl
KEGG.list <- as.list(hu6800PATH)
imat <- getImat(golub, KEGG.list, ms=10)
colnames(imat) <- paste("KEGG", colnames(imat), sep="")
sel <- c("04620","04120")
main <- paste("KEGG", sel, sep="")
for(i in 1:length(sel)){
fname <- paste("corplot-KEGG",sel[i] , ".jpg", sep="")
jpeg(fname, width=1600, height=1200, quality=100)
selgene <- rownames(imat)[imat[,match(paste("KEGG",sel,sep="")[i],colnames(imat))]==1]
corplot(golub, selgene, golub.cl, main=main[i])
dev.off()
}
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发表于 2012-2-26 10:55:12
