R语言 PAN包 sigModules()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sigModules(PAN)
sigModules()所属R语言包：PAN

                                         Retrieve ids for significant gene modules searched by pvclust
                                         检索IDS显著基因模块由pvclust搜索的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function retrieve ids for significant gene modules that satisfy the  given p-value cutoff and module size range.
该函数检索IDS显着的基因模块，满足给定的P-值的截止和模块的尺寸范围。


用法----------Usage----------


sigModules(object, pValCutoff=0.01, minSize=3, maxSize=100, sortby="size",
decreasing=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of S4 class PAN.  
S4类PAN的对象。


参数：pValCutoff
a numeric value specifying the p-value cutoff to tell the significance of a  gene module.  
数值指定p值截止告诉基因模块的意义。


参数：minSize
a numeric or integer value giving the minimal size of gene modules.  
数值或整数的值，使基因模块的最小尺寸。


参数：maxSize
a numeric or integer value giving the maximal size of gene modules.  
基因模块的最大规模的一个数字或整型值。


参数：sortby
a character value specitying how to sort the list of gene modules: by "size"  (module size) or "pval" (pvclust p-value).  
一个字符值specitying如何排序的基因模块列表：大小（模块尺寸）或“pval的（pvclust p值）。


参数：decreasing
a logical value specifying whether or not the sorting will be conducted  decreasingly.  
一个逻辑值，指明是否排序，将少地进行。


参数：...
not in use, but only for further extension.  
在不使用，但仅用于进一步扩展。


Details

详情----------Details----------

This function facilitates the user to retrieve significant gene modules found  by pvclust and obtain their ids, which can be subsequently used for visualization  (see viewPAN for details).  
此功能便于用户检索显著基因模块由pvclust发现和获得它们的ID，随后可以使用可视化（见viewPAN细节）。


值----------Value----------

a numeric vector of ids for significant gene modules
IDS的数字矢量显着的基因模块


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参考文献----------References----------

and Florian Markowetz, Posterior association networks and enriched  functional gene modules inferred from rich phenotypic perturbation  screens, in preparation.
uncertainty in hierarchical clustering. Bioinformatics, 22(12):1540, 2006.

举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
data(bm, package="PAN")
pan<-new("PAN", bm1=bm1)
pan<-infer(pan, para=list(type="SNR", log=TRUE, sign=TRUE, cutoff=log(5)),
filter=FALSE, verbose=TRUE)
data(Bakal2007Cluster, package="PAN")
pan<-buildPAN(pan, engine="igraph", para=list(nodeColor=nodeColor,
hideNeg=TRUE), verbose=TRUE)
##need pvclust to search modules[＃需要pvclust搜索模块]
library(pvclust)
pan<-pvclustModule(pan, nboot=1000, metric="cosine",
hclustMethod="average", filter=TRUE, verbose=TRUE, r=c(5:12/7))
inds<-sigModules(pan, pValCutoff=0.01, minSize=5, maxSize=100, sortby="size",
decreasing=FALSE)
pan@modules$clusters[inds]

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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