R语言 PAN包 pvclustModule()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pvclustModule(PAN)
pvclustModule()所属R语言包：PAN

                                         Search enriched functional gene modules by pvclust
                                         搜寻丰富的功能基因模块由pvclust

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function employs the R package pvclust to search significant functional gene modules using hierarchical clustering with bootstrap resampling.
该功能采用的R包pvclust使用的bootstrap重采样分层聚类搜索重要的功能基因模块。


用法----------Usage----------


pvclustModule(object, nboot=1000, metric="cosine", hclustMethod="average",
filter=TRUE, verbose=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of S4 class PAN.  
S4类PAN的对象。


参数：nboot
a numeric value giving the number of bootstraps for pvclust.  
一个数值的白手起家pvclust。


参数：metric
a character value specifying which distance metric to use for the hierarchical clustering: 'correlation', 'cosine', 'abscor' or those allowed by the argument  'method' in dist.  
一个字符值，指定距离度量层次聚类：“相关”，“余弦”，“abscor或法的说法dist允许那些使用。


参数：hclustMethod
the agglomerative method used in hierarchical clustering: 'average', 'ward', 'single', 'complete', 'mcquitty', 'median' or 'centroid' (see the argument method in hclust for more details).  
凝聚的层次聚类方法：平均，病区，单，完成，mcquitty“，”中位数“或”重心“（见参数methodhclust详情）。


参数：filter
a logical value specifying whether or not to filter out screening data of genes without significant associations with all the other genes.  
一个逻辑值，指明是否过滤掉没有显着关联，与所有其他基因的基因筛选数据。


参数：verbose
a logical value to switch on (if TRUE) or off if FALSE detailed run-time message.  
一个逻辑值切换（如果TRUE）或关闭，如果FALSE详细的运行时的消息。


参数：...
all the other arguments accepted by the function pvclust.  
功能pvclust接受的所有其他参数。


Details

详情----------Details----------

This function performs hierarchical clustering with bootstrap resampling to quantify significance of gene clusters (modules) based on the package pvclust.  
此功能进行层次聚类，引导重采样量化包pvclust（模块）的基因簇的意义。


值----------Value----------

This function will return an object of class PAN with inferred gene modules (modules$clusters) and corresponding p-values (modules$pval) updated in slot 'modules'.
这个函数将返回一个对象类PAN推断基因模块（modules$clusters）和相应的P-值（modules$pval）更新插槽的模块“。


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参考文献----------References----------

and Florian Markowetz, Posterior association networks and enriched  functional gene modules inferred from rich phenotypic perturbation  screens, in preparation.
uncertainty in hierarchical clustering. Bioinformatics, 22(12):1540, 2006.

举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
data(bm, package="PAN")
pan<-new("PAN", bm1=bm1)
pan<-infer(pan, para=list(type="SNR", log=TRUE, sign=TRUE, cutoff=log(5)),
filter=FALSE, verbose=TRUE)
data(Bakal2007Cluster, package="PAN")
pan<-buildPAN(pan, engine="igraph", para=list(nodeColor=nodeColor,
hideNeg=TRUE), verbose=TRUE)
##need pvclust to search modules[＃需要pvclust搜索模块]
library(pvclust)
pan<-pvclustModule(pan, nboot=1000, metric="cosine",
hclustMethod="average", filter=TRUE, verbose=TRUE, r=c(5:12/7))

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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