fitNULL(PAN)
fitNULL()所属R语言包：PAN
Fit the NULL component of a three-beta mixture model for functional gene associations
适合3-β的混合模型的功能基因协会的NULL组成部分
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function performs permutations to the input rich phenotyping screens, and subsequently fit a beta distribution to the densities.
功能进行排列，以丰富的表型屏幕输入，随后又适合Beta分布的密度。
用法----------Usage----------
fitNULL(object, nPerm=20, thetaNULL=c(alphaNULL=4, betaNULL=4),
sumMethod="median", permMethod="keepRep", verbose=TRUE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
an object of S4 class BetaMixture.
S4类BetaMixture的对象。
参数：nPerm
a positive numeric or integer value specifying the number of permutations.
一个积极的数字或指定的排列数的整数值。
参数：thetaNULL
a list of numeric values giving the initial values for estimating the two shape parameters (see dbeta for more details).
提供估计的两个形状参数（见dbeta更多详情）的初始值的数值列表。
参数：sumMethod
a character value specifying how to summarize estimated parameters from multiple permutations. The current version only supports 'median' and 'mean'.
一个字符值，指定如何总结多个排列的估计参数。当前版本只支持“中位数”和“的意思”。
参数：permMethod
a character value of the method to permute, either 'keepRep' (keep the order of replicates) or 'all' (regardless of replicates).
字符值的重排的方法，keepRep“（保持复制的顺序）或”所有“（不管重复）。
参数：verbose
a logical value to switch on (if TRUE) or off if FALSE detailed run-time message.
一个逻辑值切换（如果TRUE）或关闭，如果FALSE详细的运行时的消息。
参数：...
other arguments for function fitdistr.
其他功能fitdistr参数。
Details
详情----------Details----------
This function is a step prior to the three-beta mixture model fitting to functional gene association scores. The fitted parameters are then used as a fixed parameters in the three-beta mixture model for further fitting to the real screens. The NULL fitting is performed using the function fitdistr, so other arguments for the function fitdistr are also allowed by the argument ....
这个函数是一个步骤之前3-β的混合模型拟合功能基因的关联分数。拟合参数，然后用来作为一个固定的参数，在3-β的混合模型，为进一步拟合真实的画面。使用功能其他参数功能fitdistr fitdistr，所以也允许参数...NULL拟合。
值----------Value----------
This function will return an updated object of class BetaMixture.
这个函数将返回一个更新的对象类BetaMixture。
作者（S）----------Author(s)----------
Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>
参考文献----------References----------
and Florian Markowetz, Posterior association networks and enriched functional gene modules inferred from rich phenotypic perturbation screens, in preparation.
参见----------See Also----------
fitBM
fitBM
举例----------Examples----------
data(Bakal2007)
bm1<-new("BetaMixture", pheno=Bakal2007, model="global", order=1)
bm1<-fitNULL(bm1, nPerm=10, thetaNULL=c(alphaNULL=4, betaNULL=4),
sumMethod="median", permMethod="all", verbose=TRUE)
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 10:21:18
