R语言 PAN包 BetaMixture-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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BetaMixture-class(PAN)
BetaMixture-class()所属R语言包：PAN

                                         An S4 class for beta mixture modelling of functional gene associations
                                         测试混合建模功能基因协会的中S4中类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This S4 class includes methods to do beta-mixture modelling of functional gene associations given rich phenotyping screens.
这S4类包括做丰富的表型屏幕，功能基因协会的β-混合建模方法。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects of class BetaMixture can be created from new("BetaMixture", metric, order, association, model, pheno, partition) (see the example below for details).
可以创建对象的类BetaMixturenew("BetaMixture", metric, order, association, model, pheno, partition)（详见下面的例子）。


插槽----------Slots----------

a numeric matrix of rich phenotypes with rows and columns specifying genes and samples, respectively.
一个丰富的表型与基因和样品，分别指定的行和列的数字矩阵。

a character value specifying the metric to compute similarity scores. Currently, 'cosine' and 'correlation' are supported (see assoScore for more details).
一个字符值，指定的度量来计算相似度。目前，“余弦和相关的支持（见assoScore更多细节）。

a numeric value specifying the order of the similarity score to be computed. Only 1 and 2 is supported for the current version. The first order (when order=1) similarities are used for quatification of the strength of functional associations between genes, whilst the second order (when code=2) ones are employed to compute the strength of modularity between genes.
一个数值，为了计算指定的相似性得分。只有1和2支持当前的版本。第一阶（当order=1）相似的基因之间的功能团体的力量quatification使用，而二阶（code=2）的模块化计算的基因之间的实力。

a numeric vector providing all association scores between genes. This can be useful when pheno is not available or the user has a different way to compute functional associations.
数字向量提供所有基因之间的关联分数。这可能是有用的，当pheno不提供或用户有不同的方式来计算功能团体。

a character value specifying whether the original (if global) or extended (if stratified) model is used.
一个字符值，指定是否原（如global）或扩展（如果stratified）模型。

a numeric of gene partition labels (e.g. c(rep(1, 100), rep(2, 20),  rep(3, 80)) is a valid vector of partition labels for a vector of  associations falling into three categories of interaction types 1,  2 and 3).
一个基因的分区标签的数字（例如：C（REP（1 100），代表（2 20），代表（3 80））是一个协会的向量分为三个类别的互动类型下降的分区标签的有效向量1，2和3）。

a list storing results from S4 methods of this class.
列表中存储来自S4这个类的方法的结果。

a list of summary information for available results.
现有结果的摘要信息列表。


方法----------Methods----------

An overview of methods (More detailed introduction can be found in help for each specific function.):
方法概述（更详细的介绍，可以在每个特定功能的帮助下找到。）

do permutations for input rich phenotyping screens ('pheno').
输入丰富的表型屏幕的排列（'pheno'）。

fit the permuted association scores to a beta distribution.
适合置换协会分数Beta分布。

fit the functional association scores computed from input screens to a three-beta mixture model.
适合的功能关联到3-β的混合模型计算输入屏幕分数。

view the fitting results (a histogram of the original data and fitted probability density curves) for NULL and real data.
查看NULL和实际数据的拟合结果（原始数据和拟合概率密度曲线的直方图）。

summarize results including input data and parameters, NULL fitting and beta mixture fitting.
总结包括输入数据和参数，NULL，装修和β混合拟合的结果。


作者（S）----------Author(s)----------


Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>



参考文献----------References----------

and Florian Markowetz, Posterior association networks and enriched  functional gene modules inferred from rich phenotypic perturbation  screens, in preparation.

参见----------See Also----------

permNULL fitNULL fitBM view summarize
permNULLfitNULLfitBMviewsummarize


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
        data(Bakal2007)
        bm1<-new("BetaMixture", pheno=Bakal2007, metric="cosine",
                model="global", order=1)
        bm1<-fitNULL(bm1, nPerm=10, thetaNULL=c(alphaNULL=4, betaNULL=4),
                sumMethod="median", permMethod="all", verbose=TRUE)
        bm1<-fitBM(bm1, para=list(zInit=NULL, thetaInit=c(alphaNeg=2, betaNeg=4,
                alphaNULL=bm1@result$fitNULL$thetaNULL[["alphaNULL"]],
                betaNULL=bm1@result$fitNULL$thetaNULL[["betaNULL"]],
                alphaPos=4, betaPos=2), gamma=NULL),
                ctrl=list(fitNULL=FALSE, tol=1e-1), verbose=TRUE, gradtol=1e-3)
        view(bm1, "fitNULL")
        view(bm1, "fitBM")
        bm1

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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