R语言 PAN包 assoScore()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

assoScore(PAN)
assoScore()所属R语言包：PAN

                                         Association scores for gene pairs
                                         基因对协会的分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function compute similarity scores to quantify associations between pairs of genes, given measured rich phenotypes.
此函数计算相似度量化成对的基因之间的关联，给出测量的丰富的表型。


用法----------Usage----------


assoScore(pheno, metric="cosine", upperTri=TRUE, transform=TRUE,
verbose=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：pheno
a numeric matrix of rich phenotypes with rows and columns specifying samples and genes, respectively.  
数字矩阵的行和列分别指定样本和基因，丰富的表型。


参数：metric
a character value specifying the metric to compute similarity scores. Currently, 'cosine' and 'correlation' are supported (see details for more).  
一个字符值，指定的度量来计算相似度。目前，“余弦和相关的支持（见详情）。


参数：upperTri
a logical value specifying whether (if TRUE) to take the upper triangular of the similarity matrix or not (if FALSE).  
一个逻辑值，指定是否（如TRUE）采取相似矩阵的上三角或不（如果FALSE）。


参数：transform
a logical value specifying whether to transform (if TRUE) the range of association scores from [-1, 1] to [0, 1] or not (if FALSE).  
一个逻辑值，指定是否转换（如果TRUE）协会分数范围从[-1, 1][0, 1]或不（如果FALSE）。


参数：verbose
a logical value to switch on (if TRUE) or off if FALSE detailed run-time message.  
一个逻辑值切换（如果TRUE）或关闭，如果FALSE详细的运行时的消息。


参数：...
other arguments for function cor  
其他参数函数cor


Details

详情----------Details----------

This function aims at quantifying the associations between genes of interest given certain phenotyping measurements (e.g. gene expressions by microarray, cell viabilities, morphological phenotypes, etc.). For the current version of the package, the user can either choose 'cosine' or 'correlation'. When the latter is chosen, additional arguments (e.g. 'method') for the function cor are allowed.
此功能的目的是量化的利息给予一定的表型测量（如微阵列基因表达，单元存活率，形态学表型等）的基因之间的关联。对于当前版本的软件包，用户可以选择“余弦”或“关联”。如果选择后者，该函数的附加参数（例如法）cor允许。


值----------Value----------

This function will return either a vector (if upperTri=TRUE) or a matrix (if upperTri=FALSE) of association scores for given phenotypes.
这个函数将返回一个向量（如果upperTri=TRUE）或矩阵（如果upperTri=FALSE）对于给定的表型的关联分数。


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参考文献----------References----------

and Florian Markowetz, Posterior association networks and enriched  functional gene modules inferred from rich phenotypic perturbation  screens, in preparation.

参见----------See Also----------

cor, cosineSim
cor，cosineSim


举例----------Examples----------


toydata<-matrix(rnorm(n=2000, mean=0, sd=4), nrow=100, ncol=20)
toyasso<-assoScore(t(toydata), "cosine", upperTri=FALSE, transform=FALSE)
##transform to [0, 1][＃转换为[0，1]]
toyasso01<-assoScore(t(toydata), "cosine", upperTri=FALSE, transform=TRUE)
##transform to [0, 1] and return only the upper triangular[＃变换到[0，1]，并返回上三角]
toyasso01upper<-assoScore(t(toydata), "cosine", upperTri=TRUE, transform=
TRUE)
##use spearman correlation[＃使用Spearman相关]
toyassoSp<-assoScore(t(toydata), "correlation", upperTri=FALSE, transform=
FALSE, method="spearman")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。