pa.calls(panp)
pa.calls()所属R语言包：panp
Presence-Absence Calls from Negative Strand Matching Probesets
从负链匹配Probesets缺席呼吁
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Function to make gene presence/absence calls based on distance from empirical distribution of chip-specific negative strand matching probesets (NSMP).
基因存在/不存在的通话功能，使基于经验分布芯片特定的负链的匹配probesets（NSMP）距离。
用法----------Usage----------
pa.calls(object, looseCutoff = 0.02, tightCutoff = 0.01, verbose = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：object
an ExpressionSet object (result of running expression-generating function, like expresso(), rma(), mas5(), etc.) Currently, this must be of chip type HGU133A or HGU133 Plus 2.0
RMA（），mas5（）等）ExpressionSet对象（如expresso运行的表达产生的功能，（结果），目前，这必须是芯片类型HGU133A或HGU133的加2.0
参数：looseCutoff
the larger P-value cutoff (see details)
P值较大的截止（见详情）
参数：tightCutoff
the smaller, more strict P-value cutoff
更小，更严格的P值的截止
参数：verbose
logical. If 'TRUE' detailed progress messages are reported.
逻辑。如果“TRUE”详细的进度消息。
Details
详情----------Details----------
The function calculates a matrix of P-values for the expression values in the input ExpressionSet. P-values are calculated based on the empirical survivor function (1-CDF) of the set of negative probesets identified by Affymetrix as negative strand matching probesets (NSMP) with no cross hybridization. These probesets are therefore assumed to show nothing but background/machine noise plus some occasional non-specific binding. The P-value returned for any probeset expression value in ExpressionSet is the value of the NSMP survivor function for that expression level.
该函数计算P值的表达式的值在输入ExpressionSet的矩阵。 P值的计算是基于一套由Affymetrix负链的匹配probesets（NSMP）的确定为阴性，无交叉杂交probesets经验的幸存者功能（1民防）。因此假定这些probesets都表明什么，但背景/机器的噪音加上偶尔有一些非特异性结合。任何在ExpressionSet probeset表达式的值返回P值是，表达水平NSMP幸存者功能的价值。
Presence/Absence calls are derived by applying the two cutoff values to the matrix of P-values for all genes in the ExpressionSet, as follows:
存在/不存在调用派生申请两个临界值矩阵在所有ExpressionSet基因P值，如下：
Present ('P') P-values <= tightCutoff
（“P”），P值<= tightCutoff，
Absent ('A') P-values > looseCutoff
缺席（“A”）的P-值> looseCutoff
Marginal ('M') P-values between tightCutoff and looseCutoff
边际（“M”）P值之间tightCutoff和looseCutoff
值----------Value----------
参数：list
a new list containing two matrices: Pcalls and Pvals, as follows:
一个新的列表，其中包含两个矩阵的：Pcalls和Pvals，如下：
参数：Pcalls
a matrix of Presence (P), Marginal (M), Absent (A) indicators
一个存在矩阵（P）边际（M）缺席（a）指标
参数：Pvals
a matrix of P-values. Each data point is the P-value for the expr at the same x, y coordinates.
P值的矩阵。每个数据点是在相同的x，y坐标的expr的P值。
注意----------Note----------
NSMP sets have been established for the HGU133A and HGU133-Plus-2.0 chipsets to date. Hence only these two are currently supported by PANP.
为HGU133A和HGU133加2.0芯片组迄今已建立NSMP套。因此，只有这两个目前支持PANP。
作者（S）----------Author(s)----------
Peter Warren
参考文献----------References----------
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 10:20:29
