getSrcUrl(PAnnBuilder)
getSrcUrl()所属R语言包：PAnnBuilder
Get the Url and Release information for Diverse Databases
获取多样化的数据库URL和发布信息
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Given the abbreviation of databases, these functions gets the url of data file, and get the version/release of the database.
由于数据库的缩写，这些功能得到的数据文件的URL，并获得数据库版本/发布。
用法----------Usage----------
speciesNorganism()
organism2species(organism)
organism2alias(organism)
getShortSciName(organism)
organism2taxID(organism)
taxID2organism(taxID)
.srcUrls(name)
getSrcUrl(src, organism = "")
getALLUrl(organism)
getSrcBuilt(src, organism = "")
getALLBuilt(organism)
getSrcSQUrl(src,organism)
getSrcSQBuilt(src,organism)
getSPUrl()
getTREMBLUrl()
getIPIUrl(organism)
getREFSEQUrl(organism)
getGOUrl()
getGOAUrl(organism)
getGENEINTUrl()
getINTACTUrl()
getMPPIUrl()
get3DIDUrl()
getDOMINEUrl()
getDBSUBLOCUrl()
getBACELLOUrl()
getINTERPROUrl()
getPFAMUrl()
getSCOPUrl()
getHOMOLOGENEUrl()
getINPARANOIDUrl(organism)
getPEPTIDEATLASUrl(organism)
getSYSPTMUrl()
getSYSBODYFLUIDUrl()
getSPSQUrl()
getTREMBLSQUrl()
getIPISQUrl(organism)
getREFSEQSQUrl(organism)
getSPBuilt()
getTREMBLBuilt()
getIPIBuilt(organism)
getREFSEQBuilt(organism)
getGOABuilt(organism)
getGENEINTBuilt()
getINTACTBuilt()
getMPPIBuilt()
get3DIDBuilt()
getDOMINEBuilt()
getDBSUBLOCBuilt()
getBACELLOBuilt()
getINTERPROBuilt()
getPFAMBuilt()
getSCOPBuilt()
getHOMOLOGENEBuilt()
getINPARANOIDBuilt()
getPEPTIDEATLASBuilt(organism)
getSYSPTMBuilt()
getSYSBODYFLUIDBuilt()
参数----------Arguments----------
参数：src
a character string to indicate which database will be used. Possible values are: sp, trembl, ipi, refseq, go, goa, geneint, intact, mppi, 3did, domain, dbsubloc, bacello, interpro, pfam, scop, homologene, inparanoid, peptideatlas, sysptm, sysbodyfulid, prosite or ALL.
一个字符串，表示将使用哪个数据库。可能的值有：SP，TrEMBL这，IPI的RefSeq，去果阿，geneint，完整，MPPI，3did，域名，dbsubloc，bacello，InterPro的，PFAM，SCOP，homologene，INPARANOID，peptideatlas，sysptm，sysbodyfulid，PROSITE或ALL。
参数：organism
a character string for the name of the organism of concern. (eg: "Homo sapiens")
为关注的有机体的名称的字符串。 （例如：“智人”）
参数：taxID
a integer for the taxonomy identifier. (eg: 1906)
分类标识符的整数。 （例如：1906）
参数：name
a character string to indicate data source. Possible values are: SP, IPI, REFSEQ, KEGG, Gene, GO, GOA, geneint, intact, MPPI, 3DID, DOMINE, DBsubloc, Bacello, Interpro, Pfam, SCOP, Homologene, Inparanoid, PeptideAtlas, SysPTM, Sys-BodyFulid or TAX.
一个字符串来指示数据源。可能的值有：SP，IPI值的RefSeq，KEGG，基因，好，果阿，geneint，完好，移动检测伙伴关系倡议，3DID，DOMINE，DBsubloc，Bacello，InterPro的，PFAM，SCOP的，Homologene，INPARANOID，PeptideAtlas，SysPTM，系统BodyFulid或税。
Details
详情----------Details----------
These functions are the results of an effort to get url and release/version for diverse databases. Some functions are improved from previous package "AnnBuilder".
这些功能是努力的结果，得到不同的数据库URL和发布/版本。一些职能从以前的包“AnnBuilder”的改善。
Functions developped to convert multiple names for organism: speciesNorganism return a three-column matrix. organism2species() and organism2alias() employ speciesNorganism() to get organism and alias used in IPI database. organism2species use speciesNorganism() to convert organism to their species name. organism2alias use speciesNorganism() to convert organism to their alias name. getShortSciName get 3-character short name, eg: "Hsa". organism2taxID convert organism to taxID, eg: 9606 for "Homo sapiens". taxID2organism convert taxID to organism, eg: "Homo sapiens" for 9606.
功能developped有机体转换为多个名称：speciesNorganism返回一个三列的矩阵。 organism2species（）和organism2alias的（）雇用speciesNorganism（）获得的有机体，在工业生产指数数据库中使用的别名。 organism2species的使用speciesNorganism（）转换生物体的物种名称。 organism2alias的使用speciesNorganism（）来转换的有机体他们的别名。 getShortSciName3个字符的短名称，例如：“奇闻”。 organism2taxID转换有机体taxID，例如：9606“智人”。 taxID2organism转换taxID有机体，例如：“智人”9606。
Functions developped to get url and release information for data file: .srcUrls get basic web address for the given database. getSrcUrl get url for the data file based on .srcUrls(). getALLUrl get all available urls in this package. getSrcBuilt get version/release information based on .srcUrls. getALLBuilt get release information for databases in getALLUrl. getSrcSQUrl get url for protein sequence files. getSrcSQBuilt get release information for protein sequence files.
功能developped得到的数据文件的URL和发布信息：.srcUrls给定的数据库中获得基本的网络地址。 getSrcUrl获得的基础上，数据文件的URL。srcUrls（）。 getALLUrl在这个包中的所有可用的网址。 getSrcBuilt版本/发布信息的基础上.srcUrls。 getALLBuiltgetALLUrl数据库发布信息。 getSrcSQUrl蛋白质序列文件的URL。 getSrcSQBuilt得到释放蛋白质序列文件的信息。
值----------Value----------
getSrcUrl return a character string to indicate the url of data file.
getSrcUrl返回一个字符串来表示的数据文件的URL。
getSrcBuilt return a character string to indicate the release/ version of the database.
getSrcBuilt返回一个字符串来表示发布/版本的数据库。
作者（S）----------Author(s)----------
Hong Li
参考文献----------References----------
assembling annotation for genomic data.Bioinformatics 19(1), 155-156.
举例----------Examples----------
if(interactive()){
# Get urls of all related databases for "Homo sapiens".[“智人”，获取所有相关的数据库的URL。]
getALLUrl("Homo sapiens")
# Get version/release information of all related databases for "Homo sapiens".[获取版本/发布的“智人”的所有相关的数据库信息。]
getALLBuilt ("Homo sapiens")
}
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发表于 2012-2-26 10:18:21
