R语言 OTUbase包 readTAXset()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readTAXset(OTUbase)
readTAXset()所属R语言包：OTUbase

                                        readTAXset
                                         readTAXset

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to read in data and create a TAXset object
函数来读取数据和创建TAXset对象


用法----------Usage----------


    readTAXset(dirPath, taxfile, namefile, fastafile, qualfile, samplefile, sampleADF, assignmentADF, sADF.names, aADF.names, type, ...)



参数----------Arguments----------

参数：dirPath
The directory path were the datafile are located. This is the current directory by default.
目录路径是位于数据文件。这是默认的当前目录。


参数：taxfile
The classification file. The default format is RDP's fixed format.
分类文件。默认格式是RDP的固定格式。


参数：namefile
A names file in the Mothur format. This is used to add removed unique sequences back into the dataset.
一个在Mothur格式名的文件。这是用来添加到DataSet中删除独特的序列。


参数：fastafile
The fasta file. This is read in by ShortRead.
FASTA文件。这是读（由ShortRead）。


参数：qualfile
The quality file. This is read in by ShortRead.
质量文件。这是读（由ShortRead）。


参数：samplefile
The sample file. Currently this must be in Mothur format (.groups).
示例文件。目前，这一定是在Mothur格式（集团）。


参数：sampleADF
The sample meta data file. This is in AnnotatedDataFrame format.
样本元数据文件。这是在AnnotatedDataFrame格式。


参数：assignmentADF
The assignment meta data file (the OTU meta data) This is in AnnotatedDataFrame format.
分配元数据文件（OTU的元数据），这是在AnnotatedDataFrame格式。


参数：sADF.names
The column of the sampleADF file that has the sample names.
有样品名称，sampleADF文件列。


参数：aADF.names
The column of the assignmentADF file that has the assignment names.
的assignmentADF文件分配名称的列。


参数：type
This is the type of taxfile. By default this is the RDP fixed format. However, if type is changed to anything else the read.table function is used to read in the taxfile. In this case the first column of the taxfile must be the sequence names.
这类型taxfile。默认情况下，这是RDP的固定格式。但是，如果type到别的read.table函数用于读取taxfile的改变。在这种情况下，的taxfile的第一列必须是序列的名称。


参数：...
Additional arguments passed to read.table to read in the taxfile.
额外的参数传递read.table在taxfile读取。


举例----------Examples----------



dirPath <- system.file("extdata/Sogin_2006", package="OTUbase")

## read in data into TAXset object[＃读取数据TAXset对象]
soginTAX <- readTAXset(dirPath=dirPath, samplefile="sogin.groups", fastafile="sogin.fasta", taxfile="sogin.unique.fix.tax", namefile="sogin.names", sampleADF="sample_metadata.txt")

soginTAX


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