sigint.plot(OLIN)
sigint.plot()所属R语言包：OLIN
Visualisation of significance of intensity-dependent bias
可视化的依赖强度偏见的意义
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function visualises the significance
此功能形象化的意义
用法----------Usage----------
sigint.plot(A,M,Sp,Sn,ylim=c(-3,-3),...)
参数----------Arguments----------
参数：A
vector of average logged spot intensity
平均记录现场强度矢量
参数：M
vector of logged fold changes
向量记录的fold change
参数：Sp
vector of false discovery rate or p-values for positive deviation of median/mean of \code{M} as produced by fdr.int or p.int
虚假的发现率或为正偏差median/mean of \code{M}fdr.int或p.int生产的P-值向量
参数：Sn
vector of false discovery rate or p-values for negative deviation of median/mean of \code{M} as produced by fdr.int or p.int
虚假的发现率或为负偏差median/mean of \code{M}fdr.int或p.int生产的P-值向量
参数：ylim
vector of minimal log10(fdr) or log10(p-value) to be visualised corresponding to Sp and Sn. FDR or p-values smaller than these values will be set equal to these threshold values for visualisation.
最小LOG10（FDR）或LOG10（p值）的向量可视化相应的Sp和Sn。FDR或p值小于这些值将被设置等于这些阈值的可视化。
参数：...
Further optional graphical parameter for the plot function generating the MA plot
进一步可选参数plot函数的图形生成主图
Details
详情----------Details----------
The function sigint.plot produces a MA-plot of the significance (Sp,Sn) generated by fdr.int or p.int. The abscissa (x-axis) is shows by the average logged spot intensity A=0.5*(log(Cy3)+log(Cy5)); the ordinate axis (y-axis) shows the log10(FDR) or log10(p) given by FDRp or Pn and FDRn or Pn. The significance for positive median/mean of \code{M} of spot intensity neighbourhoods are presented by red colour; the significance for negative median/mean of \code{M} of spot intensity neighbourhoods are presented by green colour. The ordinate axis (y-axis) give the
功能sigint.plot产生的意义均线图（Sp，Sn）生成fdr.int或p.int。横坐标（x轴）是节目的平均记录现场强度A=0.5*(log(Cy3)+log(Cy5));纵坐标（y轴）显示LOG10（FDR）或LOG10（P）FDRp或Pn和FDRn或Pn。积极median/mean of \code{M}当场强度邻里的的意义是由红色，绿色负面median/mean of \code{M}当场强度邻里的的意义。纵坐标（y轴）给予
作者（S）----------Author(s)----------
Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)
参见----------See Also----------
sigxy.plot, fdr.int, p.int
sigxy.plot，fdr.int，p.int
举例----------Examples----------
# To run these examples, "un-comment" them![要运行这些例子，“联合国发表评论”他们！]
#[]
# LOADING DATA NOT-NORMALISED[加载数据没有，正规化]
# data(sw)[数据（SW）]
# CALCULATION OF SIGNIFICANCE OF SPOT NEIGHBOURHOODS[作者：现货，邻里意义的计算]
# This can take a while! For testing, you may choose a smaller N. [这可能需要一段时间！进行测试，您可以选择一个较小的北]
# FDR <- fdr.int(maA(sw)[,1],maM(sw)[,1],delta=50,N=100,av="median")[FDR（MAA（SW）[1]，MAM（SW）[1]，δ= 50 N = 100，AV =“中位数”）< - fdr.int]
# VISUALISATION OF RESULTS[结果的可视化]
# sigint.plot(maA(sw)[,1],maM(sw)[,1],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5))[（SW）sigint.plot（MAA [1]，MAM（SW）[1]，FDR$ FDRp，“FDR$ FDRn，C（-5，-5））]
# data(sw.olin)[数据（sw.olin）]
# CALCULATION OF SIGNIFICANCE OF SPOT NEIGHBOURHOODS [作者：现货，邻里意义的计算]
# F <- fdr.int(maA(sw.olin)[,1],maM(sw.olin)[,1],delta=50,N=100,av="median")[P < - fdr.int（MAA（sw.olin）的[1] MAM（sw.olin）的[1]，δ= 50，n = 100，AV =“中位数”）]
# VISUALISATION OF RESULTS[结果的可视化]
# sigint.plot(maA(sw.olin)[,1],maM(sw.olin)[,1],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5))[（sw.olin）sigint.plot（MAA [1] MAM（sw.olin）的[1]，FDR$ FDRp，“FDR$ FDRn，C（-5，-5））]
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注：
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发表于 2012-2-26 08:23:10
