R语言 OLIN包 mxy.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mxy.plot(OLIN)
mxy.plot()所属R语言包：OLIN

                                        Generation of MXY plots
                                         代MXY图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function produce a MXY plot including  a colour bar.
此功能包括彩条产生MXY图。


用法----------Usage----------


mxy.plot(V,Ngc,Ngr,Nsc,Nsr,color.lim=c(-1,1),xlab="Columns",ylab="Rows",...)



参数----------Arguments----------

参数：V
vector of real values typically logged ratios M. Alternatively, V can be an object of class marrayRaw or marrayNorm. In this case, the layout of the array does not need to be given.
真正价值的向量通常记录的比率研究另外，V可以是一个类marrayRaw或marrayNorm的对象。在这种情况下，阵列的布局并不需要给予。


参数：Ngc
number of columns for the grid matrix
网格矩阵的列数


参数：Ngr
number of rows for the grid matrix
网格矩阵的行数


参数：Nsc
number of columns for the spot matrix
点矩阵的列数


参数：Nsr
number of rows for the spot matrix
点矩阵的行数


参数：color.lim
limits of color range for MXY plot
MXY图色彩范围的限制


参数：xlab
label of x -axis of MXY plot
MXY图x轴的标签


参数：ylab
label of y-axis of MXY plot
MXY图Y轴的标签


参数：...
Further optional graphical parameter for the image function generating the MXY plot
进一步可选参数image函数的图形生成MXY图


Details

详情----------Details----------

Spotted microarrays have generally a grid layout of form with  Ngc columns and Ngr rows. Each block (or spot matrix)   of the grid corresponds to a specific pin used for spotting. The blocks have generally Nsc columns  and Nsr rows.   The function mxy.plot generates a  2D-plot (MXY-plot) of the values of M across the array. M is given in form of the vector V.  Note that this function assumes a specific mapping between the data points and the location of spot (i.e. the same mapping rule that is used for marrayRaw/marrayNorm objects (see the documentation of packet marray) The colour range of the MXY plot is centred around zero and follows the conventional colouring (green for negative, red for positive fold-changes). For a separate visualisation\
斑点芯片具有一般形式的网格布局与Ngc列Ngr行。每个网格块（或点矩阵）对应到一个特定的针用于探测。块一般Nsc列Nsr行。功能mxy.plot产生的跨阵列的M值的二维图（MXY图）。 M是在形式的向量五，注意，这个函数假定一个特定的映射数据点之间的点的位置（即相同的映射规则，为用于marrayRaw / marrayNorm对象（看到包marray文档） MXY图的色彩范围是围绕着零，如下一个单独的可视化的传统着色（绿色为负，积极折变红色）。\


作者（S）----------Author(s)----------


Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)



参见----------See Also----------

v2m, m2v, fgbg.visu, image, marrayRaw
v2m，m2v，fgbg.visu，image，marrayRaw


举例----------Examples----------


# LOADING DATA[加载数据]
data(sw)

# PLOTTING[图]
mxy.plot(maM(sw)[,1],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw))

# ALTERNATIVE[替代]
mxy.plot(sw[,1])


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