R语言 OLIN包 ino()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ino(OLIN)
ino()所属R语言包：OLIN

                                        Intensity-dependent normalisation of two-colour microarrays
                                         依赖强度两色芯片标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This functions performs intensity-dependent normalisation based on local regression by locfit.
这个函数执行依赖强度标准化上根据当地locfit回归。


用法----------Usage----------


ino(object,alpha=0.3,weights=NA,bg.corr="subtract",...)



参数----------Arguments----------

参数：object
object of class “marrayRaw” or “marrayNorm”  
对象类的“marrayRaw”或“marrayNorm”


参数：alpha
smoothing parameter
平滑参数


参数：weights
matrix of weights for  local regression.  Rows correspond to the spotted probe sequences, columns to arrays in the batch. These may be derived from the matrix of  spot quality weights as defined  for “maRaw” objects.
局部回归权矩阵。行对应的斑点探针序列，列在批次阵列。这些可能来自现场质量权重矩阵“maRaw”对象定义。


参数：bg.corr
backcorrection method (for “marrayRaw” objects)  : “none” or “subtract”(default).
backcorrection法（“marrayRaw”对象）：“无”或“减”（默认）。


参数：...
Further arguments for locfit function.        
locfit功能的进一步论据。


Details

详情----------Details----------

The function ino regresses the average logged fold changes (M) with respect to the average logged spot intensity (A). The residuals of this fit are the normalised logged fold changes. The parameter alpha  specifies the fraction of points that are included in the neighbourhood and thus has a value between 0 and 1.
的功能ino退化方面的平均记录现场强度（A）的平均记录（男）倍的变化。适合残差归倍的变化记录。 alpha参数指定点附近的一小部分，因而具有0和1之间的值。


值----------Value----------

Object of class “marrayNorm” with normalised logged ratios
对象类的“marrayNorm”归登录比率


作者（S）----------Author(s)----------


Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)



参见----------See Also----------

maNorm, locfit.raw,olin, oin, lin
maNorm，locfit.raw，olin，oin，lin


举例----------Examples----------




# LOADING DATA[加载数据]
  data(sw)

# INTENSITY-DEPENDENT NORMALISATION[依赖强度的标准化]
  norm.ino <- ino(sw)

# MA-PLOT OF NORMALISATION RESULTS OF FIRST ARRAY[主图标准化的第一个数组结果]
  plot(maA(norm.ino)[,1],maM(norm.ino)[,1],main="INO")

# CORRESPONDING MXY-PLOT[通讯MXY-图]
   mxy.plot(maM(norm.ino)[,1],Ngc=maNgc(norm.ino),Ngr=maNgr(norm.ino),
                Nsc=maNsc(norm.ino),Nsr=maNsr(norm.ino),main="INO")


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