anovaspatial(OLIN)
anovaspatial()所属R语言包：OLIN
One-factorial ANOVA assessing spatial bias
单因子方差分析，评估空间偏见
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function performs an one-factorial analysis of variance to test for spatial bias for a single array. The predictor variable is the average logged intensity of both channels
此功能进行因子分析，方差测试为一个单一的阵列空间偏见。预测变量是记录的两个通道的平均强度
用法----------Usage----------
anovaspatial(obj,index,xN=5,yN=5,visu=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：obj
object of class “marrayRaw” or “marrayNorm”
对象类的“marrayRaw”或“marrayNorm”
参数：index
index of array (within obj) to be tested
数组索引（在obj）进行测试
参数：xN
number of intervals in x-direction
在x方向的间隔数
参数：yN
number of intervals in y-direction
在y方向的间隔数
参数：visu
If visu=TRUE, results are visualised (see below)
如果visu = TRUE，结果的可视化（见下文）
Details
详情----------Details----------
The function anovaspatial performs a one-factorial ANOVA for objects of class “marrayRaw” or “marrayNorm”. The predictor variable is the average logged intensity of both channels (A=0.5*(log2(Ch1)+log2(Ch2))). Ch1,Ch2 are the fluorescence intensities of channel 1 and channel 2, respectively. The response variable is the logged fold-change (M=(log2(Ch2)-log2(Ch1))). The spot locations on the array is divided into xN intervals in x-direction and yN intervals in y-direction. This division defines (xN x yN) rectangular spatial blocks on the array, and thus, (xN x yN) levels (or treatments) for A. Note that values chosen for xN and yN should divide the array columns and rows approx. equally. The null hypothesis is the equality of mean(M) of the different levels. The model formula used by anovaspatial is M ~ (A - 1)
功能anovaspatial执行一个对象类的“marrayRaw”或“marrayNorm”单因子变异数分析。预测变量是两个通道（A=0.5*(log2(Ch1)+log2(Ch2))）记录平均强度。 Ch1,Ch2通道1和通道2的荧光强度分别。响应变量是记录的fold change（M=(log2(Ch2)-log2(Ch1))）。 xN间隔在x方向和yNy方向的间隔分为阵列上的点的位置。这种划分定义（xN x yN）矩形空间块阵列，因此，（xN x yN）A水平（或治疗）。“注意选择xN和yN应该分成数组的列和行约，价值观。同样。零假设的意思（M）不同层次的平等。 anovaspatial模型公式是M ~ (A - 1)的
值----------Value----------
The return value is a list of summary statistics of the fitted model as produced by summary.lm. For example, the squared multiple correlation coefficient R-square equals the proportion of the variation of M that can be related to the spot location (based on the chosen ANOVA.) Optionally, the distribution of p-values (as derived by t-test and stated in the summary statistics)
返回值是一个由summary.lm生产的拟合模型的汇总统计列表。例如，平方复相关系数R-square等于M可以与点的位置（根据所选的方差。）（可选），p值分布（变化的比例作为派生t检验，并在规定的汇总统计）
作者（S）----------Author(s)----------
Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)
参见----------See Also----------
anova, summary.lm, anovaint, marrayRaw,
anova，summary.lm，anovaint，marrayRaw
举例----------Examples----------
# CHECK RAW DATA FOR SPATIAL BIAS[检查空间浓淡RAW数据]
data(sw)
print(anovaspatial(sw,index=1,xN=8,yN=8,visu=TRUE))
# CHECK DATA NORMALISED BY OLIN FOR SPATIAL BIAS[检查奥林标准化的空间偏置数据]
data(sw.olin)
print(anovaspatial(sw.olin,index=1,xN=8,yN=8,visu=TRUE))
# note the different scale of the colour bar[注意不同规模的彩条]
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发表于 2012-2-26 08:18:53
