R语言 oligo包 PLMset-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PLMset-class(oligo)
PLMset-class()所属R语言包：oligo

                                        Class PLMset
                                         类PLMset

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a class representation for Probe level Linear
这是一个类为探针水平线性表示


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created using the function fitPLM
对象可以使用的功能fitPLM


插槽----------Slots----------




probe.coefs: Object of class "matrix". Contains model
probe.coefs：类“矩阵”的对象。包含模型




se.probe.coefs: Object of class "matrix". Contains
se.probe.coefs：类“矩阵”的对象。包含




chip.coefs: Object of class "matrix". Contains model
chip.coefs：类“矩阵”的对象。包含模型




se.chip.coefs: Object of class "matrix". Contains
se.chip.coefs：类“矩阵”的对象。包含




const.coefs: Object of class "matrix". Contains model
const.coefs：类“矩阵”的对象。包含模型




se.const.coefs: Object of class "matrix". Contains
se.const.coefs：类“矩阵”的对象。包含




model.description: Object of class "character". This
model.description：“人物”类的对象。这




weights: List of objects of class "matrix". Contains probe weights for each fit. The matrix has columns for chips and rows
weights：类“矩阵”的对象名单。包含每个合适的探针重量。矩阵列芯片和行




phenoData: Object of class "phenoData" This is an instance of class phenoData containing the patient (or case) level data. The columns of the pData slot of this
phenoData：类“phenoData”的对象，这是类phenoData包含的病人（或案例）级数据的一个实例。 PDATA插槽此列




annotation A character string identifying the
annotation字符串识别




experimentData: Object of class "MIAME". For compatibility with previous version of this class description can also be a "character". The class characterOrMIAME has been
experimentData：MIAME“类”的对象。对于这一类的描述以前版本的兼容性，也可以是一个“字符”。一直类characterOrMIAME




cdfName: A character string giving the name of the
cdfName：一个字符串的名称




nrow: Object of class "numeric". Number of rows in chip.
nrow：类“数字”的对象。芯片中的行的数目。




ncol: Object of class "numeric". Number of cols in
ncol：类“数字”的对象。数COLS




narrays: Object of class "numeric". Number of arrays
narrays：类“数字”的对象。阵列的数目




normVec: Object of class "matrix". For storing
normVec：类“矩阵”的对象。用于存储




varcov: Object of class "list". A list of
varcov：类“名单”的对象。一列




residualSE: Object of class "matrix". Contains residual
residualSE：类“矩阵”的对象。含有残留




residuals: List of objects of class "matrix". Contains
residuals：类“矩阵”的对象名单。包含




model.call: Object of class "call"
model.call：“呼叫”类对象




manufacturer: Manufacturer string (affymetrix/nimblegen)
manufacturer：制造商字符串（Affymetrix公司/ NimbleGen的）


方法----------Methods----------




boxplot signature(x = "PLMset"): Boxplot of Normalized
盒形图signature(x = "PLMset")归盒形图




NUSE signature(x = "PLMset") : Boxplot of Normalized
怒色signature(x = "PLMset")归盒形图




RLE signature(x = "PLMset") : Relative Log Expression
RLE的signature(x = "PLMset")：相关log表达




coefs signature(object = "PLMset"): Extractor for chip
coefssignature(object = "PLMset")：提取芯片




se signature(object = "PLMset"): Extractor for the
SEsignature(object = "PLMset")：提取


注意----------Note----------

This class is better described in the vignette.
更好地描述这个类中的小插曲。


作者（S）----------Author(s)----------


B. M. Bolstad <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------

Oligonucleotide Array Data: Background, Normalization and Summarization. PhD Dissertation. University of California,
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