oligo-package(oligo)
oligo-package()所属R语言包：oligo
The oligo package: a tool for low-level analysis of oligonucleotide arrays
寡核苷酸包：一个低级别的寡核苷酸阵列分析工具
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The oligo package provides tools to preprocess different oligonucleotide arrays types: expression, tiling, SNP and exon chips. The supported manufacturers are Affymetrix and NimbleGen.
oligo包提供的工具预处理不同的寡核苷酸阵列类型：表达，瓦片，SNP和外显子芯片。支持的制造商Affymetrix公司和NimbleGen的。
It offers support to large datasets (when the bigmemory is loaded) and can execute preprocessing tasks in parallel (if, in addition to bigmemory, the snow package is also loaded).
它提供支持的大型数据集（时bigmemory加载）可以并行执行的预处理任务（此外，如果在bigmemory，snow包也加载）。
Details
详情----------Details----------
The package will read the raw intensity files (CEL for Affymetrix; XYS for NimbleGen) and allow the user to perform analyses starting at the feature-level.
该软件包将读取原始强度文件（CEL的Affymetrix公司;为NimbleGen的XYS），并允许用户开始在功能层面进行分析。
Reading in the intensity files require the existence of data packages that contain the chip specific information (X/Y coordinates; feature types; sequence). These data packages packages are built using the pdInfoBuilder package.
强度文件中读取需要的数据包包含芯片的具体信息（X / Y坐标;功能类型;序列）的存在。这些数据的包建使用pdInfoBuilder包。
For Affymetrix SNP arrays, users are asked to download the already built annotation packages from BioConductor. This is because these packages contain metadata that are not automatically created. The following annotation packages are available:
Affymetrix公司的SNP芯片，用户要求下载从BioConductor的注释已建成的包。这是因为这些包包含元数据是不会自动创建。以下注释包可供选择：
50K Xba - pd.mapping50kxba.240 50K Hind - pd.mapping50khind.240 250K Sty - pd.mapping250k.sty 250K Nsp - pd.mapping250k.nsp GenomeWideSnp 5 (SNP 5.0) - pd.genomewidesnp.5 GenomeWideSnp 6 (SNP 6.0) - pd.genomewidesnp.6
50K XBA - pd.mapping50kxba.240 50K欣德 - pd.mapping50khind.240 250K麦粒肿 - pd.mapping250k.sty 250K NSP - pd.mapping250k.nsp GenomeWideSnp 5（5.0）的SNP - pd.genomewidesnp.5 GenomeWideSnp 6（单核苷酸多态性6.0） - pd.genomewidesnp.6
For users interested in genotype calls for SNP 5.0 and 6.0 arrays, we strongly recommend the use use the crlmm package, which implements a more efficient version of CRLMM.
对于感兴趣的SNP 5.0和6.0阵列型分型的用户，我们强烈建议使用使用crlmm包，它实现了一个更有效的CRLMM版本。
作者（S）----------Author(s)----------
Benilton Carvalho - <a href="mailto:carvalho@bclab.org">carvalho@bclab.org</a>
参考文献----------References----------
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 08:15:41
