R语言 oligoClasses包 RangedDataCNV-utils()函数中文帮助文档(中英文对照)

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RangedDataCNV-utils(oligoClasses)
RangedDataCNV-utils()所属R语言包：oligoClasses

                                         Utility functions for RangedData extensions for storing ranged data on copy number variants.
                                         RangedData用于存储数据拷贝数变异为扩展的实用功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Mostly accessors for extracting data from RangedDataCBS and RangedDataHMM objects.
大多RangedDataCBS和RangedDataHMM对象中提取数据的存取。


用法----------Usage----------


RangedDataCNV(ranges = IRanges(), values, start, end, chromosome, coverage, sampleId, startIndexInChromosome, endIndexInChromosome, ...)
RangedDataCBS(ranges = IRanges(), seg.mean = vector("numeric",  length(ranges)), ...)
RangedDataHMM(ranges=IRanges(), state=vector("integer",length(ranges)),...)

coverage2(object)
state(object)




参数----------Arguments----------

参数：object
A RangedDataHMM or a RangedDataCNV object.
一个RangedDataHMM或RangedDataCNV对象。


参数：ranges
An instance of IRanges class.
IRanges类的实例。


参数：values
A DataFrame object.
一个DataFrame对象。


参数：start
integer – physical position indicating start of copy number segment
整数 - 物理位置，表明拷贝数段开始


参数：end
integer – physical position indicating end of copy number segment
- 整数指示拷贝数段结束的物理位置


参数：chromosome
integer indicating chromosome
整数，指示染色体


参数：sampleId
character string
字串


参数：startIndexInChromosome
index of marker within the chromosome for the beginning of the copy number segment.  The physical position of this marker is given by 'start'. Optional
拷贝数段开始在染色体上的标记指数。这个标记的物理位置是“开始”。可选


参数：endIndexInChromosome
index of marker within the chromosome for the end of the copy number segment.  The physical position of this marker is given by 'end'. Optional
标记指数内的染色体拷贝数段的结束。这个标记的物理位置是“结束”。可选


参数：seg.mean
Numeric – e.g., the mean copy number of a genomic interval  
数字 - 例如，一个基因组的时间间隔的平均拷贝数


参数：coverage
number of markers in a segment
在段标记


参数：state
typically an integer corresponding to the inferred copy number from a hidden markov model
通常是一个整数，对应的隐马尔可夫模型的推断拷贝数


参数：...
Additional covariates that can be accessed by $ method
额外的协变量$方法，可以通过访问


Details

详情----------Details----------

RangedDataCNV, RangedDataHMM, and
RangedDataCNV，RangedDataHMM，


值----------Value----------

coverage2 and state return a column (covariate) of the RangedData object. Coverage refers to the number of markers in the interval.  State is a method for RangedDataHMM objects and returns the copy number state, typically estimated from a HMM.
coverage2和state返回RangedData对象列（协变量）。覆盖率是指在区间的标记数量。国家是一个RangedDataHMM对象，并返回拷贝数的状态，通常从一个HMM估计的方法。


作者（S）----------Author(s)----------



R. Scharpf




参见----------See Also----------

See RangedData for additional details and methods for objects of the class.
看到RangedData更多的细节和方法的类的对象。

RangedDataHMM
RangedDataHMM


举例----------Examples----------


if(require("IRanges")){
  ranges <- IRanges(c(1,2,3),c(4,5,6))
  chrom <- 1:3
  id <- letters[1:3]
  num.mark <- rpois(3, 10)
  seg.mean <- rnorm(3)
  rd <- RangedDataCBS(ranges=ranges,
                      chromosome=chrom,
                      sampleId=id,
                      coverage=num.mark,
                      seg.mean=seg.mean)
  ## accessors[＃存取]
  chromosome(rd)
  sampleNames(rd)
  coverage2(rd)

  rd.hmm <- RangedDataHMM(ranges=ranges,
                          chromosome=chrom,
                          sampleId=id,
                          coverage=num.mark,
                          state=2L)
  ## accessors[＃存取]
  chromosome(rd.hmm)
  sampleNames(rd.hmm)
  coverage2(rd.hmm)
  state(rd.hmm)
}

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