R语言 oligoClasses包 locusLevelData()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

locusLevelData(oligoClasses)
locusLevelData()所属R语言包：oligoClasses

                                        Basic data elements required for the HMM
                                         HMM的基本数据所需的元素

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This object is a list containing the basic data elements required for the HMM
这个对象是一个列表，其中包含的HMM所需的基本数据元素


用法----------Usage----------


data(locusLevelData)



格式----------Format----------

A list
一个列表


Details

详情----------Details----------

The basic assay data elements that can be used for fitting the HMM are:
基本的实验数据可以用于装修的HMM的元素是：

1.  a mapping of platform identifiers to chromosome and physical position
1。一个平台标识符映射到染色体和物理位置

2. (optional) a matrix of copy number estimates
2。 （可选）拷贝数估计矩阵

3. (optional) a matrix of confidence scores for the copy number estimates (e.g., inverse standard deviations)
3。 （可选）拷贝数估计的信心分数矩阵（例如，逆标准偏差）

4. (optional) a matrix of genotype calls
4。 （可选）矩阵型分型

5. (optional) CRLMM confidence scores for the genotype calls
5。 （可选）CRLMM基因型调用的信心分数

At least (2) or (4) is required.  The locusLevelData is a list that contains (1), (2), (4), and (5).
至少（2）或（4）是必需的。 locusLevelData是一个列表，包含（1），（2），（4），（5）。


源----------Source----------

A HapMap sample on the Affymetrix 50k platform.  Chromosomal alterations were simulated.  The last 100 SNPs on chromosome 2 are, in fact, a repeat of the first 100 SNPs on chromosome 1 – this was added for internal use.
Affymetrix的50K平台上的一个HapMap的样本。染色体改变进行了模拟。过去100 2号染色体上的SNP，实际上是一个重复1号染色体上的第100个SNPs  - 这增加了供内部使用。


举例----------Examples----------


data(locusLevelData)
str(locusLevelData)

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注：
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