R语言 oligoClasses包 addFeatureAnnotation()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

addFeatureAnnotation(oligoClasses)
addFeatureAnnotation()所属R语言包：oligoClasses

                                        Add genomic annotation (chromosome, position) for several SNP platforms.
                                         几个SNP平台，加入基因组注释（染色体位置）。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Adds chromosome, position, and an indicator for whether the locus is polymorphic.
添加染色体，位置和是否是多态位点的一个指标。


用法----------Usage----------


addFeatureAnnotation(object)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object extending the eSet class. </table>
对象延伸ESET类。 </ TABLE>


值----------Value----------

An AnnotatedDataFrame.
AnnotatedDataFrame。


作者（S）----------Author(s)----------


R. Scharpf



举例----------Examples----------


        if(require(pd.genomewidesnp.6)){
                conn <- db(pd.genomewidesnp.6)
                dbListTables(conn)
                dbListFields(conn, "featureSet")
                ## get 5 snp identifiers[＃获得5个SNP标识符]
                ##sql &lt;- "SELECT man_fsetid FROM featureSet WHERE man_fsetid LIKE 'SNP%' LIMIT 5"[＃SQL < - “选择的FeatureSet man_fsetid像”单核苷酸多态性％的限制5 man_fsetid“]
                sql <- "SELECT man_fsetid FROM featureSet LIMIT 5"
                ids <- dbGetQuery(conn, sql)[[1]]
                A <- B <- matrix(rnorm(25), 5, 5, dimnames=list(ids, LETTERS[1:5]))
                obj <- new("AlleleSet",
                           alleleA=A,
                           alleleB=B,
                           annotation="pd.genomewidesnp.6")
                featureData(obj) <- addFeatureAnnotation(obj)
                fData(obj)

                ##check against annotation package[＃核对注释包]
                ##sql &lt;- "SELECT man_fsetid, chrom, physical_pos FROM featureSet WHERE man_fsetid LIKE 'SNP%' LIMIT 5"[＃SQL < - “选择man_fsetid，铬的FeatureSet physical_pos在诸如”单核苷酸多态性％的限制5 man_fsetid，“]
                ##dbGetQuery(conn, sql)[＃dbGetQuery（CONN，SQL）]
        }
        if(require(genomewidesnp6Crlmm)){
                ##alternatively, could use the Crlmm annotation package[＃另外，可以使用的Crlmm的注解包]
                obj2 <- new("AlleleSet",
                           alleleA=A,
                           alleleB=B,
                           annotation="genomewidesnp6")
                featureData(obj2) <- addFeatureAnnotation(obj2)
                fData(obj2)
        }

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。