R语言 nucleR包 peakDetection()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

peakDetection(nucleR)
peakDetection()所属R语言包：nucleR

                                         Detect peaks (local maximum) from values series
                                         峰（当地最大检测值系列）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function allows a efficient recognition of the local maximums (peaks) in a given numeric vector.
此功能允许在一个给定的数字向量当地的最大值（峰）的有效识别。

It's recommended to smooth the input with filterFFT prior the detection.       
它建议顺利filterFFT前的检测的输入。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'list'
peakDetection(data, threshold="25%", width=1, score=TRUE, mc.cores=1)
## S4 method for signature 'numeric'
peakDetection(data, threshold="25%", width=1, score=TRUE, mc.cores=1)



参数----------Arguments----------

参数：data
Input numeric values, or a list of them  
输入数值，或他们的名单


参数：threshold
Threshold value from which the peaks will be selected. Can be given as a percentage string (i.e., "25%" will use the value in the 1st quantile of data) or as an absolute coverage numeric value (i.e., 20 will not look for peaks in regions without less than 20 reads (or reads per milion)).  
将选择从该峰的阈值。可以给出一个百分比的字符串（即"25%"会使用在data的1位数的值），或作为一个绝对的覆盖数值（即，20不会找峰不小于20的读取（或％畅想读））的区域。


参数：width
If a positive integer > 1 is given, the peaks are returned as a range of the given width centered in the local maximum. Useful for nucleosome calling from a coverage peak in the dyad.  
如果给出一个正整数> 1，峰作为一个在当地最大的集中在给定的宽度范围内返回。从核小体在覆盖的对子峰通话有用。


参数：score
If TRUE, the results will be scored using peakScoring function  
如果是TRUE，结果将使用peakScoring功能打进


参数：mc.cores
If multicore support, the number of cores available  
如果multicore支持，可用内核数量


值----------Value----------

The type of the return depends on the input parameters:
返回类型取决于输入参数：

numeric (or a list of them) if width==1 & score==FALSE containing the position of the peaks
numeric（或它们的列表），如果width==1 & score==FALSE包含峰的位置

data.frame (or list of them) if width==1 & score==TRUE containing a 'peak' column with the position of the peak plus a 'score' column with its score.
data.frame如果width==1 & score==TRUE含峰的位置，加上“得分”，其得分列的“高峰”一栏（或它们的列表）。

IRanges (or IRangesList) if width>1 & score==FALSE containing the ranges of the peaks.
IRanges（IRangesList）width>1 & score==FALSE包含峰的范围。

RangedData if width>1 & score==TRUE containing the ranges of the peaks and the assigned score.
RangedData如果width>1 & score==TRUE包含峰的范围和分配得分。


注意----------Note----------

If width > 1, those ranges outside the range 1:length(data) will be skipped
如果width> 1范围，这些范围以外的1:length(data)将跳过


作者（S）----------Author(s)----------



Oscar Flores <a href="mailtoflores@mmb.pcb.ub.es">oflores@mmb.pcb.ub.es</a>




参见----------See Also----------

filterFFT, peakScoring
filterFFT，peakScoring


举例----------Examples----------


       
        #Generate a random peaks profile[生成一个配置文件随机峰]
        reads = syntheticNucMap(nuc.len=40, lin.len=130)$syn.reads
        cover = coverage(reads)
       
        #Filter them[过滤网]
        cover_fft = filterFFT(cover)
       
        #Detect and plot peaks (up a bit the threshold for accounting synthetic data)[检测和积峰（占合成数据的阈值了一下）]
        peaks = peakDetection(cover_fft, threshold="40%", score=TRUE)
        plotPeaks(peaks, cover_fft, threshold="40%", start=10000, end=15000)

        #Now use ranges version, which accounts for fuzziness when scoring[现在使用范围的版本，它占模糊打分时]
  peaks = peakDetection(cover_fft, threshold="40%", score=TRUE, width=147)
  plotPeaks(peaks, cover_fft, threshold="40%", start=10000, end=15000)

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注：
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