fragmentLenDetect(nucleR)
fragmentLenDetect()所属R语言包：nucleR
Fragments length detection from single-end sequencing samples
从单端测序样品片段长度检测
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
When using single-ended sequencing, the resulting partial sequences map only in one strand, causing a bias in the coverage profile if not corrected. The only way to correct this is knowing the average size of the real fragments. nucleR uses this information when preprocessing single-ended sequences. You can provide this information by your own (usually a 147bp length is a good aproximation) or you can use this method to automatically guess the size of the inserts.
当使用单端测序，导致部分序列映射只在一个链，如果不纠正，造成覆盖配置文件中的偏见。只有这样，才能纠正这种认识的真实片段的平均大小。 nucleR使用此信息在预处理时的单端序列。你可以提供自己的信息（通常为1 147bp的长度是良好的aproximation），或到自动猜测插入的大小，您可以使用此方法。
用法----------Usage----------
## S4 method for signature 'AlignedRead'
fragmentLenDetect(reads, samples=1000, window=1000, min.shift=1, max.shift=100, mc.cores=1, as.shift=FALSE)
## S4 method for signature 'RangedData'
fragmentLenDetect(reads, samples=1000, window=1000, min.shift=1, max.shift=100, mc.cores=1, as.shift=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：reads
Raw single-end reads (AlignedRead or RangedData format)
原单端读取（AlignedRead或RangedData格式）
参数：samples
Number of samples to perform the analysis (more = slower but more accurate)
执行分析（更多的样本数=速度较慢，但更准确）
参数：window
Analysis window. Usually there's no need to touch this parameter.
分析窗口。一般没有必要碰这个参数。
参数：min.shift, max.shift
Minimum and maximum shift to apply on the strands to detect the optimal fragment size. If the range is too big, the performance decreases.
申请链检测最佳片段大小，最小和最大的转变。如果幅度过大，性能下降。
参数：as.shift
If TRUE, returns the shift needed to align the middle of the reads in opposite strand. If FALSE, returns the mean inferred fragment length.
如果是TRUE，返回需要在对面链读取中间对齐的转变。如果为FALSE，返回的平均推断片段长度。
参数：mc.cores
If multicore support, maximum number of cores allowed to use.
如果多核的支持，允许的最大数量的核心使用。
Details
详情----------Details----------
This function shifts one strand downstream one base by one from min.shift to max.shift. In every step, the correlation on a random position of length window is checked between both strands. The maximum correlation is returned and averaged for samples repetitions.
这函数转移由min.shiftmax.shift之一的一个链下游的一个碱基。在每一步，长度window随机位置上的相关性检查两股。返回最大的相关性和samples重复的平均值。
The final returned length is the best shift detected plus the width of the reads. You can increase the performance of this function by reducing the samples value and/or narrowing the shift range. The window size has almost no impact on the performance, despite a to small value can give biased results.
最终返回的长度是最好的移位加读取宽度检测。你可以增加此功能的性能，减少samples值和/或缩小移位范围。 window大小对性能几乎没有影响，但一个小的价值，可以给偏颇的结果。
值----------Value----------
Inferred mean lenght of the inserts by default, or shift needed to align strands if as.shift=TRUE
推断意味着默认情况下，插入的长度，或转移需要对齐股如果as.shift=TRUE
作者（S）----------Author(s)----------
Oscar Flores <a href="mailto flores@mmb.pcb.ub.es">oflores@mmb.pcb.ub.es</a>
举例----------Examples----------
#Create a sinthetic dataset, simulating single-end reads, for positive and negative strands[创建一个sinthetic集，模拟单端读取，正面和负面的股]
pos = syntheticNucMap(nuc.len=40, lin.len=130)$syn.reads #Positive strand reads[正股读取]
neg = IRanges(end=start(pos)+147, width=40) #Negative strand (shifted 147bp)[负链（移147bp）]
sim = RangedData(c(pos, neg), strand=c(rep("+", length(pos)), rep("-", length(neg))))
#Detect fragment lenght (we know by construction it is really 147)[检测片段长度（我们知道建设是真的147）]
fragmentLenDetect(sim, samples=50)
#The function restrict the sampling to speed up the example[功能限制采样加快范例]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 07:54:26
