R语言 nucleR包 controlCorrection()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

controlCorrection(nucleR)
controlCorrection()所属R语言包：nucleR

                                         Correct experimental profiles with control sample
                                         与对照样品的正确的实验概况

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function allows the correction of experimental coverage profiles (usually MNase digested nucleosomal DNAs in this library) with control samples (usually naked DNA sample digested with MNase). This is useful to correct MNase biase.
此功能允许校正实验覆盖型材（通常MNase消化此库中的核小体的DNA），与对照样本（通常是赤裸裸的DNA样本MNase消化）。这是有用的，以纠正MNase BIASE。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'SimpleRleList'
controlCorrection(exp, ctr, mc.cores=1)
## S4 method for signature 'Rle'
controlCorrection(exp, ctr)
## S4 method for signature 'list'
controlCorrection(exp, ctr, mc.cores=1)
## S4 method for signature 'numeric'
controlCorrection(exp, ctr)



参数----------Arguments----------

参数：exp, ctr
Comparable experimental and control samples (this means same format and equivalent preprocessment)  
比较实验组和对照样本（这意味着相同的格式，相当于preprocessment）


参数：mc.cores
Number of cores available for parallel list processing  
核心数量可用于并行列表处理


Details

详情----------Details----------

This substracts the enrichment in the control sample respect it's mean from the experimental profile.
这substracts富集在控制样品尊重的，它意味着从实验剖面。

This is useful for examinating the effect of the MNase digestion in nucleosome experiments using a nucleosomal DNA and a genomic (naked) DNA sample. Notice that genomic DNA samples cannot be strand-corrected using single end data, so only paired end controls are useful for this proupose, despite they can be compared against extended nucleosomal DNA single end reads. Furthermore, both datasets must be converted to reads per milion.
这是为有助于examinating核小体实验中使用的核小体DNA和基因组（裸）DNA样本MNase消化的作用。请注意，基因组DNA样品不能链纠正使用单端数据，所以只有配对的最终控制是有用的这proupose，反对延长核小体DNA单年底相比，尽管他们可以读取。此外，这两个数据集必须被转换为每畅想读取。

This process dificults the nucleosome positioning due the lower sharpness of the peaks, but allows a complementary study of the MNase digestion effect.
这个过程dificults由于峰的低清晰度的核小体的定位，但可以互补“MNase消化效果研究。


值----------Value----------

Corrected experimental profile
矫正实验的文件


作者（S）----------Author(s)----------



Oscar Flores <a href="mailtoflores@mmb.pcb.ub.es">oflores@mmb.pcb.ub.es</a>




举例----------Examples----------



                #Toy example[玩具的例子]
                map = syntheticNucMap(as.ratio=TRUE)

                exp = coverage(map$syn.reads)       
                ctr = coverage(map$ctr.reads)
               
                corrected = controlCorrection(exp, ctr)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。