R语言 NormqPCR包 deltaCt()函数中文帮助文档(中英文对照)

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deltaCt(NormqPCR)
deltaCt()所属R语言包：NormqPCR

                                         Perform normalization with a given housekeeping gene
                                         执行与一个给定的看家基因的标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Normalise qPCR eset using a given housekeeping gene as control, then perform differential expression analysis using the delta delta Ct method
Normalise qPCR的的ESET使用一个给定的看家基因作为控制，然后执行DeltaDeltaCT方法的差异表达分析


用法----------Usage----------


deltaCt(qPCRBatch, ...)

## S4 method for signature 'qPCRBatch'
deltaCt(qPCRBatch, hkgs, combineHkgs=FALSE, calc="arith")



参数----------Arguments----------

参数：qPCRBatch
qPCR-specific expression set, containing qPCR data.  
定量PCR特异性表达的集合，包含qPCR数据。


参数：...
Extra arguments, detailed below  
额外的参数，下面详细介绍


参数：hkgs
String containing the name of the name of the housekeeping gene which will be used to normalise the rest of the genes.
字符串，其中包含的看家基因，这将被用来其余的基因标准化的名称的名称。


参数：combineHkgs
  Logical - if TRUE, then as long as more than one housekeeper given for argument hkgs, it will combine the housekeepers by finding the geometric mean. Housekeepers can be found using geNorm or NormFinder algorithms.
逻辑 - 如果属实，那么只要超过1名管家为论据HKGS定，将结合发现的几何平均数的管家。管家使用的geNorm或NormFinder算法可以找到。


参数：calc
use arithmetic or geometric mean.
使用算术或几何平均数。


Details

详情----------Details----------

Takes expression set of qPCR values and normalises them using a housekeeping gene. Returns a qPCRBatch with exprs set of the same dimensions but with the given hkg value subtracted.
需要表达的qPCR值设置和使用看家基因normalises他们。与尺寸相同的设置exprs，但给予HKG价值减去返回一个qPCRBatch。


值----------Value----------

qPCRBatch with exprs set of the same dimensions but with the given hkg value subtracted.
qPCRBatch与exprs设置的尺寸相同，但与给定HKG价值减去。


作者（S）----------Author(s)----------


James Perkins <a href="mailto:jperkins@biochem.ucl.ac.uk">jperkins@biochem.ucl.ac.uk</a>



参考文献----------References----------

Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2^DDCt Method. Methods 25, 402-408, 2001 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11846609

参见----------See Also----------

selectHKs, deltaDeltaCt
selectHKs，deltaDeltaCt


举例----------Examples----------


  path <- system.file("exData", package = "NormqPCR")
  taqman.example <- file.path(path, "example.txt")
  qPCRBatch.taqman <- read.taqman(taqman.example)
  hkgs<-"Actb-Rn00667869_m1"
  qPCRBatch.norm <- deltaCt(qPCRBatch =  qPCRBatch.taqman, hkgs = hkgs, calc="arith")
  head(exprs(qPCRBatch.norm))

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