R语言 nem包 prune.graph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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prune.graph(nem)
prune.graph()所属R语言包：nem

                                        Prunes spurious edges in a phenotypic hierarchy
                                         在表型层次的西梅杂散边缘

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A heuristic to prune spurious edges in a pehnotypic hierarchy
一个启发式修剪在pehnotypic层次的虚假边缘


用法----------Usage----------


prune.graph(g,cutIN=NULL,cutOUT=NULL,quant=.95,verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：g
an adjacency matrix or a 'graphNEL' object
邻接矩阵或一个graphNEL对象


参数：cutIN
minimum number of missing in-edges required to cut all in-edges. Default
最低数量要求削减所有入边的边失踪。默认


参数：cutOUT
minimum number of missing out-edges required to cut all out-edges
错过了边的最低数量要求削减所有出边


参数：quant
if 'cutIN' or 'cutOUT' are not assigned, a quantile 'quant' of the distribution of missing in- or out-edges for all nodes is used
如果未分配“角质”或“断流”，分量“定量”的失踪或所有节点的出边的分布


参数：verbose
Default: TRUE
默认：true


Details

详情----------Details----------

prune.graph provides a heuristic approach to prune surious edges. prune.graph compares the input graph to its transitive closure, and counts for each node how many incoming and outgoing edges are missing. If the number is bigger than a user-defined cutoff, all incoming (outgoing) edges are removed.  
prune.graph提供了一个启发式方法修剪surious边的。 prune.graph比较输入图的传递闭包，并为每个节点计数多少缺少传入和传出的边缘。如果该数字是大于一个用户定义的截止，所有传入（传出）边缘被删除。


值----------Value----------


参数：graph
the pruned phenotypic hierarchy (a 'graphNEL' object)
的表型层次修剪（“graphNEL对象）


参数：removed
number of removed edges
删除边的数目


参数：missing.in
number of missing in-edges for each node
每个节点边失踪数


参数：missing.out
number of missing out-edges for each node
缺少出边为每个节点的数目


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Markowetz <URL: http://genomics.princeton.edu/~florian>



举例----------Examples----------


    # a transitively closed core with two spurious edges[与两个虚假的边缘传递闭的核心]
    g <- matrix(0,5,5)
    g[1,2] <- 1
    g[2,c(3,4)] <- 1
    g[3,4] <- 1
    g[4,5] <- 1
    dimnames(g) <- list(LETTERS[1:5],LETTERS[1:5])
    g <- as(g,"graphNEL")
   
    # prune graph[修剪图]
    gP <- prune.graph(g)
   
    # plot[图]
    par(mfrow=c(1,2))
    plot(g,main="two spurious edges")
    plot(gP$graph,main="pruned")
   
   

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