R语言 nem包 plotEffects()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotEffects(nem)
plotEffects()所属R语言包：nem

                                        Plots data according to a phenotypic hierarchy
                                         根据表型层次的图数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plotEffects visualizes the subset structure in the data by reordering rows and columns according to the topological order given by a phenotypic hierarchy.
plotEffects形象化根据表型层次的拓扑顺序重新排列行和列的数据的子集结构。


用法----------Usage----------


plotEffects(D,nem,border=TRUE,legend=TRUE,order=NULL,orderSCC=TRUE,palette="BlueRed",...)



参数----------Arguments----------

参数：D
data matrix
数据矩阵


参数：nem
phenotypic hierarchy (object of class 'score' or 'pairwise')
表型层次结构（对象类“得分”或“成对”）


参数：border
draw red lines to indicate gene-specific effect reporters. Default: TRUE
画红线，表明特定基因的作用记者。默认：true


参数：legend
plot a legend. Default: TRUE
绘制一个传奇。默认：true


参数：order
pre-define an order of the S-genes instead of the topological order to visualize the subset structure. Default: Use topological order.
预先定义的S-基因的秩序，而不是可视化的子集结构的拓扑顺序。默认：使用拓扑顺序。


参数：orderSCC
Is the pre-defined order given on strongly connected components rather than on individual nodes?
强连通分量，而不是单个节点上的预先定义的顺序吗？


参数：palette
color palette to use: either 'BlueRed' (default) or 'Grey'
调色板使用：要么“BlueRed”（默认）或“灰色”


参数：...
additional parameters for the graphics function 'image'
额外的参数图形功能的“形象”


Details

详情----------Details----------

The experiments in the columns are reordered according to the topological order given by a phenotypic hierarchy. The effect reporters in the rows are grouped together by their position in the hierarchy. The groups are then arranged by topological order. Within each group the rows are hierarchically clustered.
根据表型层次的拓扑顺序重新排序列中的实验。行的效果记者，他们在层次结构中的地位被组合在一起。组，然后由拓扑顺序排列。每个组内的行分层聚类。


值----------Value----------

ordering of the E-genes according to the hierarchy (vector of indices)
订购的E基因根据层次结构（向量指数）


注意----------Note----------

This function was formerly named plot.effects. This naming is not possible any more, since S3 classes were used for the function plot.nem.
此功能原名plot.effects。这种命名方式是不可能的，因为S3类的功能plot.nem使用。


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Markowetz <URL: http://genomics.princeton.edu/~florian>, Holger Froehlich <URL: http:/www.dkfz.de/mga2/people/froehlich>



举例----------Examples----------


   data("BoutrosRNAi2002")
   D <- BoutrosRNAiDiscrete[,9:16]
   res <- nem(D,control=set.default.parameters(unique(colnames(D)), para=c(.13,.05)))
   plotEffects(D,res)

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