nem.consensus(nem)
nem.consensus()所属R语言包：nem
Statistically stabile nested effects models
斯塔比尔的统计学模型嵌套影响
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Performs bootstrapping (resampling with replacement) on E-genes and jackknife on S-genes to assess the statistical stability of networks. Only edges appearing with a higher frequency than a predescribed threshold in both procedures are regarded as statistical stable and appear in the so-called consensus network.
执行引导（更换重新取样）在E基因和评估网络的统计稳定的S-基因折刀。只出现在更高的频率比在这两个程序predescribed阈值的边缘被视为统计上的稳定，出现在所谓的共识网络。
用法----------Usage----------
nem.consensus(D,thresh=0.5, nboot=1000,inference="nem.greedy",models=NULL,control=set.default.parameters(unique(colnames(D))), verbose=TRUE)
## S3 method for class 'nem.consensus'
print(x, ...)
参数----------Arguments----------
参数：D
data matrix with experiments in the columns (binary or continous)
矩阵中列的实验数据（二进制或连续）
参数：thresh
only edges appearing with a higher frequency than "thresh" in both, bootstrap and jackknife procedure, are regarded as statistically stable and trust worthy
只有边缘比“阈值”的同时，引导和刀切过程中出现频率较高，被视为统计学稳定和值得信任
参数：nboot
number of bootstrap samples desired
引导所需的样品数
参数：inference
search to use exhaustive enumeration, triples for triple-based inference, pairwise for the pairwise heuristic, ModuleNetwork for the module based inference, nem.greedy for greedy hillclimbing, nem.greedyMAP for alternating MAP optimization using log odds or log p-value densities
search使用详尽列举，triples三重基于推理，pairwise为成对启发式，ModuleNetwork的模块为基础的推理，nem.greedy贪婪hillclimbing ，nem.greedyMAPp值交替图优化log赔率或log密度
参数：models
a list of adjacency matrices for model search. If NULL, an exhaustive enumeration of all possible models is performed.
邻接矩阵模型搜索列表。如果为NULL，详尽列举所有可能的模式进行。
参数：control
list of parameters: see set.default.parameters
参数列表：看到set.default.parameters
参数：verbose
do you want to see progression statements? Default: TRUE
你想看到进展的报表？默认：true
参数：x
nem object
NEM对象
参数：...
other arguments to pass
其他参数传递
Details
详情----------Details----------
Calls nem or nemModelSelection internally, depending on whether or not lambda is a vector and Pm != NULL.
调用nem或nemModelSelection内部，取决于与否的lambda是一个向量和下午！= NULL的。
值----------Value----------
consensus network (nem object)
共识网（NEM对象）
作者（S）----------Author(s)----------
Holger Froehlich
参见----------See Also----------
nem.bootstrap, nem.jackknife, nem.calcSignificance, nem
nem.bootstrap，nem.jackknife，nem.calcSignificance，nem
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
data("BoutrosRNAi2002")
D <- BoutrosRNAiDiscrete[,9:16]
nem.consensus(D, control=set.default.parameters(unique(colnames(D)), para=c(0.13,0.05)))
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 07:46:33
