R语言 NCIgraph包 getNCIPathways()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getNCIPathways(NCIgraph)
getNCIPathways()所属R语言包：NCIgraph

                                        Loads networks from Cytoscape and parses them
                                         负载网络从Cytoscape的和解析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Loads networks from Cytoscape and parses them.
负载从Cytoscape的网络和解析。


用法----------Usage----------


getNCIPathways(cyList=NULL, parseNetworks=TRUE, entrezOnly=TRUE, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：cyList
a list providing the networks loaded from Cytoscape. If NULL, the function will try to build the list from Cytoscape.
list提供从Cytoscape的加载网络。如果NULL，该函数将尝试建立的list Cytoscape的。


参数：verbose
If TRUE, extra information is output.
如果TRUE，输出额外的信息。


参数：parseNetworks
A logical. If FALSE, the raw NCI networks are returned as graphNEL objects. If TRUE, some additional parsing is performed by the parseNCInetwork function.
Alogical。如果FALSE，原料NCI的网络graphNEL对象返回。如果TRUE，一些额外的解析由parseNCInetwork功能的执行。


参数：entrezOnly
A logical. If TRUE, only keep nodes with an entrezID property.
Alogical。如果TRUE，只保留节点与entrezID财产。


值----------Value----------

A list of two elements: pList, a list of graphNEL objects, and failedW a list containing the names of the networks that R
一个list两部分组成：PLIST，list的graphNEL对象，failedW的list包含网络名称的R


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Jacob



参见----------See Also----------

parseNCInetwork()
parseNCInetwork（）


举例----------Examples----------


##------------------------------[＃------------------------------]
## Load NCIgraph[＃加载NCIgraph]
##------------------------------[＃------------------------------]

library(NCIgraph)

##------------------------------[＃------------------------------]
## Example 1: with Cytoscape[＃例1：用Cytoscape的]
##------------------------------[＃------------------------------]

## Must have Cytoscape running with some networks open and Cytoscape RPC plugin started.[＃必须启动Cytoscape的运行一些网络的开放和Cytoscape的RPC插件。]

## In this case, getNCIPathways will both read the raw networks from Cytoscape and parse them.[getNCIPathways＃在这种情况下，都将阅读从Cytoscape的原始网络和解析。]

## Not run: [＃无法运行：]
grList <- getNCIPathways(cyList=NULL, parseNetworks=TRUE, entrezOnly=TRUE, verbose=TRUE)$pList

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

##------------------------------[＃------------------------------]
## Example 2: without Cytoscape[例2：没有Cytoscape的]
##------------------------------[＃------------------------------]

## Get some raw networks[＃获取一些原始网络。]

data("NCIgraphVignette", package="NCIgraph")

## When passed a non null cyList argument (a list of networks),[＃当通过一个非空cyList参数（网络列表）]
## getNCIPathways will simply parse the list of networks[，＃getNCIPathways会简单地解析网络列表]

grList <- getNCIPathways(cyList=NCI.demo.cyList, parseNetworks=TRUE, entrezOnly=TRUE, verbose=TRUE)$pList

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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