R语言 multtest包 mt.teststat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mt.teststat(multtest)
mt.teststat()所属R语言包：multtest

                                        Computing test statistics for each row of a data frame
                                         计算检验统计量为每一个数据框的行

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions provide a convenient way to compute test statistics, e.g., two-sample Welch t-statistics, Wilcoxon statistics, F-statistics, paired t-statistics, block F-statistics, for each row of a data frame.
这些功能提供了一个方便的方法来计算检验统计量，例如，韦尔奇t-统计，两样本秩统计，F-统计，配对t-统计量，块F-统计，每一个数据框的行。


用法----------Usage----------


mt.teststat(X,classlabel,test="t",na=.mt.naNUM,nonpara="n")
mt.teststat.num.denum(X,classlabel,test="t",na=.mt.naNUM,nonpara="n")



参数----------Arguments----------

参数：X
A data frame or matrix, with m rows corresponding to variables (hypotheses) andn columns to observations. In the case of gene  expression data, rows correspond to genes and columns to mRNA samples. The data can be read using read.table.  
一个数据框或矩阵，m行相应的变量（假设）和n列观察。在基因表达数据的情况下，行对应mRNA样品的基因和列。可以读取数据，使用read.table。


参数：classlabel
A vector of integers corresponding to observation (column) class labels. For k classes, the labels must be integers between 0 and k-1. For the blockf test option, observations may be divided into n/k blocks of k observations each. The observations are ordered by block, and within each block, they are labeled using the integers 0 to k-1.         
观察（列）类的标签对应的整数向量。对于k类，标签必须是0k-1之间的整数。 blockf测试选项，观测n/kk观察每块可分为。的意见，下令块，每块内，他们都使用整数0k-1标记。


参数：test
A character string specifying the statistic to be used to test the null hypothesis of no association between the variables and the class labels.<br> If test="t", the tests are based on two-sample Welch t-statistics (unequal variances).  <br> If test="t.equalvar", the tests are based on two-sample t-statistics with equal variance for the two samples. The square of the t-statistic is equal to an F-statistic for k=2. <br> If test="wilcoxon", the tests are based on standardized rank sum Wilcoxon statistics.<br> If test="f", the tests are based on F-statistics.<br> If test="pairt", the tests are based on paired t-statistics. The square of the paired t-statistic is equal to a block F-statistic for k=2. <br> If test="blockf", the tests are based on F-statistics which adjust for block differences (cf. two-way analysis of variance).  
如果一个字符串指定的统计，被用来测试空假设之间没有关联的变量和类的标签。参考test="t"，测试是基于两样本韦尔奇t-统计（不平等的差异）。 <br>如果test="t.equalvar"，测试是基于两样本t-统计量等于两个样本方差。 t-统计量的平方等于k=2F-统计。参考如果test="wilcoxon"，测试标准化秩秩统计基础。参考如果test="f"，测试F-统计基础。参考如果test="pairt"测试配对t-统计的基础上。配对的t-统计的平方等于块k=2F-统计。 <br>如果test="blockf"，测试是根据F-统计调整块的差异（参见双向方差分析）。


参数：na
Code for missing values (the default is .mt.naNUM=--93074815.62). Entries with missing values will be ignored in the computation, i.e., test statistics will be based on a smaller sample size. This feature has not yet fully implemented.  
缺失值的代码（默认为.mt.naNUM=--93074815.62）。与缺失值的参赛作品将在计算中忽略，即检验统计量将基于一个小样本大小。此功能尚未完全落实。


参数：nonpara
If nonpara="y", nonparametric test statistics are computed based on ranked data. <br> If  nonpara="n", the original data are used.
如果nonpara“=”Y“，非参数检验统计排名数据计算。如果nonpara=“N”的参考，使用原始数据。


值----------Value----------

For mt.teststat, a vector of test statistics for each row (gene). <br> <br> For mt.teststat.num.denum, a data frame with <br>
mt.teststat，每一行（基因）的统计测试向量。 mt.teststat.num.denum，一个参考的数据框的参考参考


参数：teststat.num
the numerator of the test statistics for each row, depending on the specific test option.
每行的测试统计中的分子，这取决于具体的test选项。


参数：teststat.denum
the denominator of the test statistics for each row, depending on the specific test option.
每行的检验统计量的分母，这取决于具体的test选项。


作者（S）----------Author(s)----------


Yongchao Ge, <a href="mailto:yongchao.ge@mssm.edu">yongchao.ge@mssm.edu</a>, <br>
Sandrine Dudoit, <a href="http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine">http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine</a>.



参见----------See Also----------

mt.maxT, mt.minP, golub.
mt.maxT，mt.minP，golub。


举例----------Examples----------


# Gene expression data from Golub et al. (1999)[Golub等基因表达数据。 （1999）]
data(golub)

teststat<-mt.teststat(golub,golub.cl)
qqnorm(teststat)
qqline(teststat)

tmp<-mt.teststat.num.denum(golub,golub.cl,test="t")
num<-tmp$teststat.num
denum<-tmp$teststat.denum
plot(sqrt(denum),num)

tmp<-mt.teststat.num.denum(golub,golub.cl,test="f")


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