R语言 MSnbase包 clean-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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clean-methods(MSnbase)
clean-methods()所属R语言包：MSnbase

                                         Cleans 'MSnExp' or 'Spectrum' instances
                                         清理“MSnExp或谱的实例

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This method cleans out individual spectra (Spectrum instances) or whole experiments (MSnExp instances) of 0-intensity peaks. Origninal 0-intensity values are retained only around peaks. If more than two 0's were separating two peaks, only the first and last ones, those directly adjacent to the peak ranges are kept. If two peaks are separated by only one 0-intensity value, it is retained. An illustrative example is shown below.
这种方法清除个别光谱（Spectrum实例）或整个实验0强度峰（MSnExp实例）。 origninal 0强度值只保留了周围的山峰。如果两个以上的分隔两个山峰，只有第一个和最后一个，直接相邻的峰值范围内保持。如果只有一个0强度值分隔两峰，它被保留下来。一个例子如下所示。


方法----------Methods----------

Cleans all spectra in MSnExp object. Displays a control bar if verbose set to TRUE (default). Returns a cleaned MSnExp instance.
清除所有在MSnExp对象的光谱。显示控制栏，如果详细的设置TRUE（默认）。返回清洁MSnExp实例。

Cleans the Spectrum object. Returns a cleaned Spectrum instance.
清除Spectrum对象。返回清洁Spectrum实例。


作者（S）----------Author(s)----------



Laurent Gatto <lg390@cam.ac.uk>




参见----------See Also----------

removePeaks and trimMz for other spectra processing methods.
removePeaks和trimMz其他谱加工方法。


举例----------Examples----------


int <- c(1,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0)
sp1 <- new("Spectrum2",
           intensity=int,
           mz=1:length(int))
sp2 <- clean(sp1)
intensity(sp1)
intensity(sp2)

file <- dir(system.file(package="MSnbase",dir="extdata"),
            full.name=TRUE,pattern="mzXML$")
aa <- readMSData(file,verbose=FALSE)
bb <- clean(aa,verbose=FALSE)
sum(peaksCount(aa))
sum(peaksCount(bb))
processingData(bb)

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