R语言 MotIV包 viewAlignments()函数中文帮助文档(中英文对照)

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viewAlignments(MotIV)
viewAlignments()所属R语言包：MotIV

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                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function return a list of the alignments of a motiv object for each motif.
这个函数返回一个列表motiv对象为每个主题的路线。


用法----------Usage----------


  viewAlignments(x)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class motiv (usualy provied by motifMatch).
一个对象类motiv（扇贝motifMatch provied）。


Details

详情----------Details----------

This function shows the alignements for each motif.
此功能显示每个主题alignements。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )
viewAlignments(foxa1.analysis.jaspar )

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。